Manuel d’utilisation de SAMURAI 3

1Présentation du système

Le Katana est un microtome pour l’imagerie en bloc sériel (serial block-face). Il se loge dans la chambre à vide d’un microscope électronique à balayage (MEB). Un PC équipé du logiciel Samurai 3 pilote ensemble le microtome et le microscope. Les deux fonctionnent ainsi comme un seul instrument. Ensemble, ils imagent la surface d’un échantillon inclus en résine, enlèvent une coupe fine, imagent la nouvelle surface, et recommencent. Cela peut durer des heures ou des semaines, sans que personne n’y touche.

Microtome

Contrôleur électronique

Digital Viewer

1.1 Principe de l’imagerie en bloc sériel

La microscopie électronique à balayage en bloc sériel (serial block-face scanning electron microscopy, SBF-SEM) construit une image 3D d’un échantillon, une couche après l’autre. Chaque répétition s’appelle un cycle :

1. Imager. Le MEB balaie la surface supérieure exposée de l’échantillon, appelée face du bloc. Il enregistre une image par tuile.
2. Couper. Le couteau diamant passe sur la face du bloc et enlève une coupe fine. Une coupe fait généralement de 20 à 100 nm d’épaisseur.
3. Monter. Le microtome fait monter l’échantillon d’une épaisseur de coupe. La nouvelle face du bloc se trouve alors exactement dans le même plan de coupe, c’est-à-dire à la hauteur où le couteau coupe.

Les images sont empilées dans l’ordre de coupe. Ensemble, elles forment un volume 3D.

1.2 Le matériel

Microtome. C’est l’unité placée dans la chambre. Le microtome maintient l’échantillon sur un pion porte-échantillon et le fait monter avec une platine Z de précision. Il coupe avec un couteau diamant qui oscille (il vibre d’avant en arrière). Le microtome repose sur un adaptateur de platine, fixé sur la platine du MEB. Il se raccorde à l’extérieur par la bride de la chambre, une plaque de connecteurs étanche placée dans la paroi de la chambre.

Contrôleur électronique. Le boîtier situé à l’extérieur du microscope. Il alimente le microtome et pilote ses moteurs et l’oscillateur du couteau. Il communique avec le PC Samurai en USB.

Digital Viewer. Une caméra optique amovible. Elle se place sur le microtome pendant que vous amenez un nouvel échantillon au couteau. Cette étape s’appelle l’approche (chapitre 9, « L’approche »). Vous retirez la caméra avant de fermer la chambre.

Samurai peut aussi piloter des équipements optionnels :

• Aiguille PCN — une aiguille motorisée, avec son propre contrôleur. Elle se place près de la zone imagée pour réduire les effets de charge (une accumulation d’électrons qui dégrade l’image). Voir le chapitre 20, « L’aiguille PCN ».
• Détecteur EDS — Oxford Instruments AZtec. Il réalise des cartographies élémentaires des tuiles que vous choisissez. Voir le chapitre 22, « Cartographies EDS avec Oxford AZtec ».

1.3 Le logiciel

Samurai 3 s’exécute sur le PC hôte. Il comporte trois espaces de travail. Vous en choisissez un avec les onglets en haut de la fenêtre :

Samurai ne communique pas directement avec le microscope. Un petit programme compagnon fait le lien entre les deux : l’Universal SEM Bridge. Il s’exécute sur le PC du microscope ou sur un PC voisin. Il utilise l’interface propre au fabricant du microscope. Samurai dispose ainsi d’une seule connexion, qui fonctionne de la même façon quelle que soit la marque. Pour vous connecter, voir le chapitre 7, « Connecter votre équipement ».

1.4 Termes que vous rencontrerez partout

La liste complète figure au chapitre 38, « Glossaire ».

2Le microtome et son contrôleur

2.1 Éléments du microtome

Le microtome est la partie qui se place dans la chambre du MEB. Il maintient l’échantillon sur un pion et le fait monter avec une platine de précision. Il coupe l’échantillon avec un couteau diamant qui oscille (il vibre d’avant en arrière).

Dessus

Côté

Dessous

2.2 Le contrôleur électronique

Le contrôleur se trouve à l’extérieur du microscope. Il alimente le microtome et pilote ses moteurs et l’oscillateur du couteau. Il se connecte aussi au PC Samurai.

1. Ports USB — branchez ici le PC Samurai. Vous pouvez aussi y brancher d’autres instruments, si votre configuration en a besoin.
2. Connecteur principal — se relie à la bride de traversée de la chambre. À l’intérieur de la chambre, le câble intra-chambre va de la bride au connecteur principal du microtome.
3. Entrée 48 V — uniquement pour l’alimentation 48 V fournie.
4. Interrupteur principal — allume et éteint l’alimentation.

2.3 Le Digital Viewer

Le Digital Viewer est une caméra optique. Elle se clipse sur le microtome pendant que la chambre est ouverte. Avec elle, vous observez le couteau et la face du bloc pendant l’approche, c’est-à-dire pendant que vous les rapprochez l’un de l’autre (chapitre 9, « L’approche »). Son image s’affiche dans l’onglet Approach.

3Installation

Le microtome se trouve dans la chambre à vide du MEB. Son installation repose donc surtout sur deux points : tout garder propre, et vérifier que rien dans la chambre ne peut le heurter.

3.1 Tout garder propre

Le microtome doit être propre, sans aucune contamination. Chaque pièce qui va sous vide doit l’être aussi : la bride, l’adaptateur de platine et le câble intra-chambre. La bride est la plaque de connecteurs étanche placée dans la paroi de la chambre. Si ces pièces ne sont pas propres, le vide et la qualité d’image du microscope en souffrent.

• Portez des gants neufs chaque fois que vous manipulez le microtome ou ses accessoires.
• Si vous voyez une contamination, essuyez-la délicatement avec un chiffon non pelucheux imbibé d’isopropanol.
• Laissez chaque surface sécher complètement, sans aucun résidu, avant qu’elle n’entre dans la chambre.

3.2 Faire de la place dans la chambre

Le microtome est encombrant par rapport à la plupart des porte-échantillons. Avant de l’installer :

1. Retirez les détecteurs que vous n’utiliserez pas. Rétractez les détecteurs qui restent, et bloquez-les pour qu’ils ne puissent pas venir heurter le microtome. Utilisez leurs verrous mécaniques, ou désactivez leur insertion dans le logiciel du microscope.
2. Vérifiez l’espace sous le détecteur d’électrons rétrodiffusés (BSED). Mesurez la distance entre la face supérieure de l’adaptateur de platine fourni et le point le plus bas du BSED. Cet espace doit être supérieur à 56 mm, c’est-à-dire la hauteur du microtome.
3. Retirez les accessoires standard de la platine, comme les porte-échantillons et les pinces, s’ils gênent. Certains modèles de MEB l’exigent.

3.3 Monter le microtome

1. Placez le microtome sur l’adaptateur de platine fourni. Serrez la vis moletée de la platine à l’arrière (pièce 10 de la section 2.1).
2. Faites passer le câble intra-chambre jusqu’à la bride de traversée de la chambre. Disposez le câble de sorte qu’aucun mouvement de la platine ne puisse le tirer, le pincer ou le plier dans la trajectoire du couteau.
3. À l’extérieur de la chambre, raccordez la bride au connecteur principal du contrôleur.
4. Branchez l’alimentation 48 V fournie sur le contrôleur.
5. Reliez le contrôleur au PC Samurai avec un câble USB.
6. Mettez le contrôleur sous tension.

3.4 Vérifier que Samurai détecte le microtome

1. Lancez Samurai. Si Auto-connect Microtome (connexion automatique du microtome) est activé (c’est le réglage par défaut), Samurai se connecte tout seul. Sinon, cliquez sur l’indicateur Microtome dans la barre du bas (section 7.3).
2. Lorsque l’indicateur passe au vert, la position Z s’affiche dans l’onglet Approach.
3. Vérifiez que la chambre est ouverte et que les abords de l’échantillon sont dégagés. Puis lancez Find Zero (recherche du zéro) pour donner à la platine son point de référence (section 9.2).

Vous pouvez maintenant monter un échantillon (chapitre 4, « Préparation des échantillons ») et l’approcher (chapitre 9, « L’approche »).

4Préparation des échantillons

4.1 Monter l’échantillon sur un pion

Les échantillons sont collés sur des pions porte-échantillon en aluminium. Un échantillon bien monté est rigide, conducteur et à la bonne hauteur. Chacun de ces points influe sur la qualité de la coupe et de l’imagerie.

• Fixez-le solidement. Collez l’échantillon sur le pion avec de la colle cyanoacrylate ou de l’époxy conductrice, afin qu’il ne puisse pas bouger pendant la coupe.
• Assurez un chemin conducteur. Les charges doivent pouvoir s’écouler de l’échantillon vers le pion. Par exemple, recouvrez l’échantillon d’une fine couche conductrice par pulvérisation cathodique (métallisation).
• Respectez la plage de hauteur. La partie haute du pion mesure 2 mm. L’échantillon plus cette partie haute doit mesurer 2,1–3,3 mm. Un échantillon de 0,1–1,2 mm de haut est donc idéal, et 1,3 mm est le maximum.
• Les échantillons plus hauts nécessitent un pion dont la partie haute est plus courte. Ce pion est disponible en variante. Les échantillons plus hauts sont moins stables et peuvent se couper moins proprement.
• Échantillons de moins de 0,1 mm : si vous voulez couper les 100 derniers µm de l’échantillon, placez une fine cale (0,5 mm) dessous.

4.2 Insérer, fixer et retirer le pion

1 Insérer

2 Fixer

3 Retirer

Pour insérer et fixer le pion :

1. Retirez le protège-couteau en plastique transparent, mais seulement le temps de manipuler le pion.
2. Enfoncez le pion porte-échantillon dans son logement de la platine porte-échantillon. Appuyez fermement pour qu’il soit bien en place au fond du logement.
3. Par en dessous, insérez le tournevis plat fourni dans le trou d’accès (pièce 9). Tournez la vis de blocage dans le sens horaire, du bout des doigts uniquement, jusqu’à ce qu’elle soit serrée à la main.
4. Remettez le protège-couteau en place.

Pour retirer le pion : tournez la vis de blocage dans le sens antihoraire jusqu’à sentir une résistance. Puis tournez-la d’un demi-tour dans le sens horaire pour libérer le pion. Sortez le pion en le soulevant.

5Maintenance

5.1 Remplacer le couteau

1. Déconnectez le microtome dans Samurai, éteignez le contrôleur et débranchez le câble intra-chambre du microtome.
2. Maintenez fermement le porte-couteau dans le sens des flèches pendant que vous retirez ses deux vis à six pans. Le maintenir ainsi évite toute contrainte sur le mécanisme de coupe.
3. Ne soulevez pas le porte-couteau tout droit vers le haut. Cela peut endommager son connecteur électrique. Faites plutôt doucement levier par en dessous, avec un tournevis plat ou un outil similaire. Cela débranche le connecteur.
4. Ne touchez pas les contacts électriques, et ne les court-circuitez pas.
5. Montez le nouveau porte-couteau en suivant l’ordre inverse. Rebranchez le câble et mettez le contrôleur sous tension.
6. Refaites l’approche de l’échantillon avant de couper, car le couteau a changé (chapitre 9, « L’approche »).

5.2 Prendre soin du couteau diamant

• Laissez le protège-couteau en plastique transparent sur le couteau chaque fois que vous ne coupez pas ou ne manipulez pas l’échantillon.
• Ne touchez jamais le tranchant du diamant. Tenez les brucelles, la colle et les débris libres à l’écart du couteau.
• Après l’approche et avant de fermer la chambre, chassez les débris de la face du bloc. Utilisez un léger jet d’air sec ou d’azote.

5.3 Garder propres les pièces sous vide

Portez des gants neufs chaque fois que vous manipulez le microtome, le câble intra-chambre ou l’adaptateur de platine. S’ils ont été contaminés, essuyez-les avec un chiffon non pelucheux imbibé d’isopropanol. Laissez-les sécher complètement avant de les remettre dans la chambre (section 3.1).

5.4 Micrologiciel du contrôleur

Le contrôleur du microtome exécute son propre micrologiciel (firmware), c’est-à-dire le logiciel intégré au contrôleur. Un technicien de maintenance installe les mises à jour depuis Settings › Microtome › Controller Firmware. Vous pouvez aussi en installer une si le support vous le demande. Avant d’écrire quoi que ce soit, Samurai vérifie que le fichier de micrologiciel correspond bien à votre contrôleur (chapitre 34, « Référence des paramètres »). Ne mettez pas à jour le micrologiciel au milieu d’une expérience.

6Samurai en un coup d’œil

6.1 Démarrer Samurai

Lancez Samurai3 depuis le bureau ou le menu Démarrer. Un bref écran « Loading Samurai 3… » s’affiche pendant que le logiciel démarre son service matériel. Le service matériel est le programme d’arrière-plan qui pilote vos équipements.

Ce que vous voyez ensuite dépend de la façon dont Samurai a été fermé :

• Une expérience était ouverte la dernière fois et Settings › General › Restore Previous Experiment (restaurer l’expérience précédente) est activé (c’est le réglage par défaut) : Samurai rouvre cette expérience. Il passe à l’onglet Imaging et affiche Restored previous experiment.
• Aucune expérience à restaurer : Samurai s’ouvre sur l’onglet Approach.

Dans le même temps, Samurai reconnecte vos équipements :

• Le microtome. L’indicateur affiche Connecting... pendant que Samurai fait quatre tentatives, en une dizaine de secondes.
• Le MEB, dès que le SEM Bridge signale que son microscope est connecté.
• Le PCN, mais seulement si vous avez activé Auto-connect PCN.

Pour le détail de chaque connexion, voir le chapitre 7, « Connecter votre équipement ».

6.2 La fenêtre

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1. Onglets des espaces de travail — Approach, Imaging et, s’il est activé, Studio.
2. Barre latérale gauche — l’expérience, la progression de l’acquisition et les réglages du microtome.
3. Vue (viewport) — votre échantillon, vos régions et vos images. La barre d’outils est en bas.
4. Barre latérale droite — Time Travel, ROI, SEM, autofocus, PCN et autres panneaux.
5. Barre du bas — paramètres, manuel, console et indicateurs de connexion.

Vous utilisez les trois onglets dans cet ordre :

Changer d’onglet n’arrête jamais rien. Chaque onglet conserve son état, et une acquisition en cours se poursuit pendant que vous consultez Studio. Une exception : le flux du Digital Viewer se met en pause quand l’onglet Approach est masqué.

Pour déplier ou replier un panneau d’une barre latérale, cliquez sur son titre. Si une commande semble manquer, faites défiler la barre latérale. Les barres latérales longues continuent sous le bord de la fenêtre.

6.3 La barre du bas

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1. Version de Samurai.
2. Settings — toutes les préférences (chapitre 34, « Référence des paramètres »).
3. User Manual — ouvre ce manuel dans votre navigateur web.
4. Pastille AI agent — le serveur MCP, qui permet à des agents IA externes de se connecter à Samurai (chapitre 24, « Travailler avec des agents IA »).
5. Console — affiche le nombre d’erreurs en rouge et d’avertissements en jaune.
6. Indicateur PCN — affiché seulement si le module PCN est activé.
7. Indicateur SEM et SEM Connection Settings (paramètres de connexion au MEB).
8. Indicateur Microtome.
9. Indicateur de câble — indique si le câble et le codeur du microtome sont en bon état. Le codeur est le capteur qui mesure Z.

Dans l’onglet Studio, la barre du bas affiche aussi Search (Spotlight, Ctrl/⌘+K). Pendant que Studio travaille, la barre du bas affiche une barre de progression avec le nom de la tâche. Les indicateurs sont expliqués à la section 7.4.

6.4 La console

Cliquez sur le bouton Console de la barre du bas. La console s’ouvre sur la moitié droite de la fenêtre. Faites glisser son bord supérieur pour l’agrandir. Cliquez sur le chevron pour la fermer.

Samurai copie dans la console chaque notification qui s’affiche, pour que vous puissiez la relire plus tard. Les avertissements et les erreurs sont rédigés en langage clair. Les détails techniques vont dans le fichier journal. L’icône de copie copie le contenu de l’onglet courant, et l’icône de corbeille l’efface.

6.5 Quand Samurai est occupé

• Curseur d’attente. Pendant que Samurai écrit dans la base de données de l’expérience, le pointeur affiche une petite roue. Samurai retient vos clics un instant. C’est normal, et cela dure généralement une fraction de seconde.
• DB updating... Si une écriture bloque l’interface plus de trois secondes, une étiquette jaune apparaît en haut : DB updating... (double-click to force unlock). Un double-clic libère seulement l’interface. Le travail se poursuit en arrière-plan. Ne l’utilisez que si Samurai semble bloqué.
• Les opérations longues affichent en haut une carte avec une ligne de progression en direct et un bouton ✕ pour annuler. La synchronisation du gating des tuiles (l’enregistrement des tuiles à sauter) en est un exemple.
• Fond de fenêtre rouge. Si le système d’exploitation signale que la fenêtre ne répond plus, le fond devient rouge foncé jusqu’à ce que la fenêtre se rétablisse. La console indique combien de temps elle est restée figée.

6.6 Notifications

Les notifications apparaissent en bas à droite. La plupart disparaissent d’elles-mêmes. Les plus importantes restent affichées jusqu’à ce que vous les fermiez. Certaines proposent une action, comme Reconnect, Clear PCN fault ou Clear cut record. La console conserve aussi chaque notification.

6.7 Fermer Samurai

Fermez la fenêtre comme d’habitude. Samurai demande Close Samurai? Cliquez sur Close pour confirmer. Si Studio contient des modifications non enregistrées, Samurai les enregistre d’abord et affiche « Saving Studio changes before closing… ». Si cet enregistrement échoue, Samurai reste ouvert, et rien n’est perdu.

6.8 Fichiers journaux

Samurai écrit un fichier journal à chaque démarrage. Le journal utilise l’heure locale. Le support vous demandera généralement ce fichier.

Le fichier s’appelle app-<date>T<time>.log. Au démarrage de Samurai, les journaux précédents sont déplacés dans le sous-dossier old.

6.9 Configuration requise

7Connecter votre équipement

Samurai communique avec trois types d’équipements, chacun à sa manière :

• le microscope, via l’Universal SEM Bridge
• le contrôleur du microtome, en USB, ou par le réseau (TCP) pour un simulateur
• les accessoires optionnels, via leurs propres panneaux : l’aiguille PCN, le détecteur Kensho et l’EDS

7.1 L’Universal SEM Bridge

Le SEM Bridge est un petit programme compagnon. Il s’exécute sur le PC du microscope, ou sur un PC annexe qui a accès au microscope. Il utilise l’interface propre au fabricant du microscope. Il offre à Samurai une connexion qui fonctionne de la même façon pour toutes les marques. Vous choisissez le microscope dans le Bridge, pas dans Samurai.

Microscopes pris en charge par le Bridge

Pour connecter le Bridge au microscope :

1. Démarrez d’abord le logiciel propre au microscope, par exemple TESCAN Essence, Zeiss SmartSEM ou l’interface xT UI de Thermo Fisher.
2. Démarrez l’Universal SEM Bridge.
3. Choisissez votre microscope dans la liste déroulante SEM. Saisissez son adresse, et son port si on vous le demande.
4. Cliquez sur Connect. Lorsque le bouton devient vert et affiche Connected, le Bridge est prêt.
5. Laissez le Bridge ouvert pendant que vous utilisez Samurai.

La barre d’état du Bridge contient une ligne Samurai3 connect to: … avec l’adresse et le port à saisir dans Samurai. Une fois Samurai rattaché, la barre affiche Samurai3: Connected.

7.2 Connecter Samurai au Bridge

1. Dans la barre du bas de Samurai, cliquez sur l’engrenage à côté de l’indicateur SEM. SEM Connection Settings (paramètres de connexion au MEB) s’ouvre.
2. Saisissez l’IP Address (adresse IP) et le Port du Bridge. Si le Bridge s’exécute sur le même PC, utilisez 127.0.0.1. Sinon, utilisez l’adresse affichée sur la ligne Samurai3 connect to du Bridge. Le port par défaut est 15300.
3. Regardez la ligne sous les champs. Une coche verte ✓ avec Bridge detected; SEM connected. signifie que tout est prêt.
4. Cliquez sur Save.

En moins d’une seconde, Samurai se rattache de lui-même. L’indicateur SEM passe au vert et affiche le nom du microscope. Il n’y a pas de bouton Connect pour le MEB dans Samurai. Samurai se rattache dès que le Bridge signale que son microscope est connecté. Pour déconnecter le microscope, déconnectez-le dans le Bridge.

Si la ligne sous les champs affiche une croix rouge ✗, lisez son message :

7.3 Connecter le microtome

Si Auto-connect Microtome (connexion automatique du microtome) est activé (c’est le réglage par défaut), Samurai se connecte au contrôleur au démarrage. Pour vous connecter à la main, cliquez sur l’indicateur rouge Disconnected dans la barre du bas.

Settings › Microtome › Connection définit comment Samurai joint le contrôleur :

• USB (normal) : Samurai parcourt les ports série et trouve le contrôleur tout seul.
• TCP : Samurai se connecte à une adresse réseau. Utilisez ce mode pour le simulateur de microtome, et saisissez son IP Address et son Port.

Le changement prend effet à la connexion suivante.

Pour vous déconnecter, cliquez sur l’indicateur vert Microtome. Il devient orange et demande Disconnect? Cliquez sur ✓ pour confirmer. Pour annuler, cliquez sur ✗ ou appuyez sur Esc.

Si la connexion USB est coupée de façon inattendue, une notification USB Disconnected reste affichée avec un bouton Reconnect. Samurai ne reconnecte jamais de lui-même un microtome USB. Vérifiez le câble, puis cliquez sur Reconnect ou sur l’indicateur.

7.4 Lire les indicateurs

Un indicateur vert prouve seulement que Samurai communique avec l’équipement. Il ne prouve pas que le faisceau est allumé, que le détecteur est prêt, que la mise au point est correcte ni que la chambre est dégagée. Vérifiez ces points sur le microscope.

7.5 Équipements optionnels

Un technicien de maintenance active les modules optionnels dans Settings › Service › Enabled Modules. Ces modules sont Studio, PCN, Kensho BSED et EDS (Oxford AZtec). Une fois un module activé :

• Le PCN se connecte depuis son indicateur dans la barre du bas. Ses paramètres de connexion se trouvent dans Settings › PCN (chapitre 20, « L’aiguille PCN »).
• Kensho et l’EDS se connectent depuis leurs propres panneaux dans l’onglet Imaging (section 19.3, chapitre 22, « Cartographies EDS avec Oxford AZtec »).

7.6 Generic SEM : microscopes sans interface

Si votre microscope n’a aucune interface de commande prise en charge, choisissez Generic SEM dans le Bridge. Le Bridge se comporte alors comme un assistant patient assis devant le PC du microscope :

1. Dans la carte AutoClicker du Bridge, enregistrez l’emplacement à l’écran du bouton acquire (acquérir) du logiciel du microscope. Puis choisissez comment le Bridge sait que l’image est terminée :
   • new file appears : un nouveau fichier apparaît dans le dossier d’images
   • delay after click : un délai fixe s’est écoulé après le clic
   • screen box settles : une zone choisie de l’écran cesse de changer
2. Réglez l’Image folder (dossier d’images) du Bridge sur le dossier où le logiciel du microscope enregistre ses images. Utilisez Test Capture pour le vérifier.
3. Dans Samurai, l’indicateur SEM passe au vert, comme pour n’importe quel microscope.

Pour chaque cycle, le Bridge clique, attend, puis envoie la nouvelle image à Samurai. Samurai garde le contrôle complet du microtome et de la coupe. Mais il ne peut pas déplacer la platine du MEB, régler le faisceau ni choisir le champ de vue. Dans ce mode :

• Samurai prend une image par cycle.
• Vous ne dessinez pas de ROI.
• Samurai crée les cycles quand vous appuyez sur Start.
• Les panneaux SEM et Autofocus sont masqués.

Le panneau Scripting reste disponible pour toute étape supplémentaire (chapitre 23, « Automatisation par scripts »).

8Travailler dans la vue

La vue (viewport), au centre de l’onglet Imaging, est une carte de la platine du microscope. Tout ce qu’elle contient est dessiné à sa position réelle sur la platine. Cela comprend le réticule du MEB, vos régions d’intérêt (ROI) et leurs tuiles, les images d’aperçu, les images acquises et les masques. Chaque tuile est une position d’image dans une ROI. La vue de Studio fonctionne de la même manière. Ce que vous apprenez ici s’y applique donc aussi.

8.1 La barre d’outils

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1. Select (V) — sélectionner et déplacer des éléments.
2. Hand (H) — déplacer la vue. Cet outil ne sélectionne et ne déplace jamais rien.
3. Draw ROI (D) — tracer un rectangle par glissement pour créer une région d’intérêt.
4. Cycle through views (0) — afficher chaque ROI tour à tour, puis toutes les ROI, puis la position du MEB.
5. Follow stage — garder la position de la platine du MEB au centre.
6. Histogram — afficher ou masquer les niveaux d’affichage (section 16.1).
7. Open a read-only viewport window — une seconde vue pour un autre écran.

Deux autres boutons n’apparaissent que lorsqu’ils sont utiles. Draw mask shape (dessiner une forme de masque) apparaît lorsqu’un masque dessiné est sélectionné (section 21.3). Un commutateur follow target (cible à suivre) apparaît lorsque Follow stage est activé.

Vous ne pouvez utiliser Draw ROI que si une expérience est ouverte et que son microscope est connecté. Si un bouton est grisé, survolez-le pour savoir pourquoi. Le message peut être Connect SEM first, Create an experiment first ou Connected SEM does not match experiment.

8.2 Déplacer la vue et zoomer

Samurai fonctionne comme Figma et d’autres outils de conception : le défilement déplace la vue, et le zoom demande un pincement ou une touche de modification.

La vue s’arrête dès que vos doigts s’arrêtent. Elle ne continue pas sur sa lancée. Le zoom reste centré sur le pointeur. Lorsque Follow stage est activé, le zoom se fait plutôt autour du centre.

La barre d’informations

La ligne en haut à droite décrit ce que vous regardez :

Grid: 10μm │ FOV: 132.3μm × 114.7μm │ Center: 1.839, 0.209 mm │ Cursor: …

• Grid — l’espacement des lignes de grille les plus visibles.
• FOV — la largeur et la hauteur de la zone visible.
• Center — la position de la platine au centre de la vue.
• Cursor — la position de la platine sous le pointeur, lorsque le pointeur se trouve dans les limites de la platine.

Si l’expérience comporte une correction XY (section 19.1), une valeur plus pâle (SEM: …) suit. C’est la position corrigée vers laquelle la platine du microscope se déplace réellement.

Suivre la platine

Cliquez sur Follow stage pour garder la position de la platine du MEB au centre de la vue pendant que le microscope se déplace. Votre zoom ne change pas. Lorsque le suivi est activé, un second bouton permet de choisir ce qu’il faut suivre :

• le stage crosshair (réticule de la platine, par défaut), ou
• la last acquired image (dernière image acquise). Elle vous montre où chaque image a réellement été prise.

Le suivi se désactive lorsque vous déplacez la vue à la main, appuyez sur 0 ou sautez vers une vue enregistrée. Pour que la vue glisse en douceur au lieu de sauter, activez Settings › Advanced › Viewport Tracking Smoothing.

Samurai mémorise la vue de chaque expérience. Il restaure cette vue lorsque vous rouvrez l’expérience.

8.3 Sélectionner des éléments

Avec l’outil Select :

Le sens dans lequel vous tracez le cadre compte :

Un cadre, un lasso ou un polygone ne sélectionne des tuiles que dans une seule ROI. Si un cadre couvre presque toute une ROI, Samurai sélectionne la ROI elle-même. Pour ajouter à la sélection, maintenez Ctrl/⌘ en relâchant. Pour en retirer, maintenez Alt.

Le panneau ROI affiche la même sélection. Lorsque vous ne tapez pas dans un champ de texte, les touches fléchées parcourent la liste des ROI :

• ↑ ↓ montent et descendent dans la liste.
• → déplie une ROI pour afficher ses tuiles.
• ← la replie.

8.4 Déplacer et redimensionner

Pour déplacer un élément, sélectionnez-le d’abord, puis faites-le glisser. Le clic qui sélectionne un objet ne le déplace jamais.

1. Cliquez sur la ROI, ou double-cliquez sur l’une de ses tuiles, pour sélectionner la ROI. Son contour devient bleu.
2. Appuyez sur la ROI sélectionnée et faites glisser. Le déplacement ne commence qu’une fois que le pointeur a bougé de quelques pixels. Un simple clic sélectionne donc toujours une tuile.
3. Pendant le glissement, vous pouvez maintenir :
   • Shift pour ne déplacer que selon X ou que selon Y. Un indicateur ↔ ou ↕ apparaît près du pointeur.
   • T pour caler le déplacement sur des pas de tuile entiers.
   • G pour caler le coin sur les lignes de grille visibles. Un rappel au-dessus de la barre d’outils vous indique ces touches.
4. Relâchez pour terminer, ou appuyez sur Esc pour annuler.

Samurai enregistre chaque déplacement dans l’historique d’annulation. Vous pouvez donc l’annuler avec Ctrl/⌘+Z. Une fois que des cycles existent, un déplacement s’applique à partir du cycle en cours. Le cycle en cours est celui sur lequel se trouve l’acquisition, ou celui par lequel elle commencera. C’est le cas quel que soit le cycle que vous regardez, car la position d’une ROI est physique (section 14.3). Vous ne pouvez pas déplacer une ROI verrouillée (section 13.1).

Redimensionnement. Une ROI sélectionnée a une poignée bleue dans son coin inférieur droit. Une fois que des cycles existent, elle a aussi une poignée violette dans son coin supérieur gauche. Faites glisser une poignée pour ajouter ou retirer des lignes et des colonnes entières de tuiles. Les tuiles existantes gardent leurs noms et leurs positions. La section 13.5 explique pourquoi.

Les masques et les références se déplacent de la même façon : sélectionnez, puis faites glisser. Leur glissement commence immédiatement, sans aimantation. Vous pouvez sélectionner un masque ou une référence verrouillés, mais vous ne pouvez pas les faire glisser (chapitre 21, « Masques et gating des tuiles »).

8.5 Selection Scope pour les objets qui se chevauchent

Lorsque des ROI, des masques et des références se chevauchent, il peut être difficile de cliquer sur l’objet voulu. Selection Scope (portée de sélection) limite temporairement la vue à un seul objet.

1. Avec l’outil Select ou Hand, pointez sur la vue et appuyez sur ' (apostrophe). Vous pouvez aussi faire un clic droit et choisir Selection Scope.
2. Choisissez une ROI, un masque dessiné, une référence 2D ou une référence 3D. Cliquez dessus, appuyez sur son numéro 1–9, ou utilisez les touches fléchées et Enter.
3. Une petite étiquette Scope: apparaît en haut de la vue. Tout le reste est atténué, et vous ne pouvez pas cliquer dessus.
4. Pour effacer la portée, appuyez de nouveau sur ', appuyez sur Esc, ou cliquez sur le × de l’étiquette.

Une portée est temporaire. Elle s’efface d’elle-même si vous passez à Draw ROI, masquez l’objet ou ouvrez une autre expérience. Elle n’a aucun rapport avec les Gating ROIs enregistrées d’un masque.

8.6 Menus du clic droit

Faites un clic droit dans la vue pour ouvrir un menu. Ses éléments dépendent de ce qui se trouve sous le pointeur.

• Drive SEM Stage Here déplace la platine du microscope au centre de la tuile, ou au point exact où vous avez cliqué. La première fois qu’un déplacement dépasse 1 mm, un Large Movement Warning (avertissement de grand déplacement) apparaît. Il indique où la platine va aller et vous demande de cliquer sur Continue.
• Reveal in Explorer ouvre le dossier qui contient les fichiers de la tuile.
• Re-acquire in This Cycle remet la tuile dans la file d’attente du cycle en cours d’acquisition (section 15.9).
• Drive PCN here apparaît lorsque l’aiguille de gaz PCN est affichée (section 20.5).

8.7 Signification des couleurs

Autres éléments que vous pouvez voir :

• Les noms des ROI, en violet au-dessus de chaque ROI. Le nom indique la taille de la grille de tuiles de la ROI, par exemple ROI_1 57 × 30 μm. Le nom de la ROI sélectionnée devient bleu.
• Le réticule MEB marque la position de la platine. Il pulse lorsque vous centrez la vue dessus. Son point devient orange pendant que la platine se déplace.
• SEM LIVE SCAN — un cadre bleu pâle parcouru par une bande mobile. Il indique où le microscope balaie en direct. Il s’agit d’un balayage lancé depuis le logiciel du microscope, et non depuis Samurai.
• Stage Limits — un rectangle rouge en pointillés à la limite de la course de la platine.
• Les aperçus à demi-intensité. Les aperçus MEB et les captures manuelles de tuiles sont affichés à 50 % d’opacité tant que vous ne les sélectionnez pas. Ainsi, ils ne masquent jamais les données acquises (section 11.2).
• Un cadre sépia autour de toute la vue lorsque vous regardez un cycle passé. Un cadre violet lorsque vous regardez un cycle futur (section 14.2).
• Loading imagery… avec un motif hachuré pendant que Samurai lit les images sur le disque. Les tuiles qui n’ont jamais été acquises restent vides.

8.8 Superpositions et vues enregistrées

La liste Overlays (superpositions), en haut à droite, détermine ce que la vue affiche. Samurai enregistre vos choix avec l’expérience.

Views, sous Overlays, enregistre le déplacement et le zoom actuels comme un signet. Saisissez un nom et cliquez sur Save. Si vous enregistrez sous le même nom, l’ancienne vue est remplacée. Cliquez sur un nom enregistré pour revenir à cette vue. Cliquez sur ✕ pour la supprimer. Les vues sont stockées avec l’expérience.

8.9 Une seconde fenêtre

Cliquez sur Open a read-only viewport window pour afficher l’acquisition dans une fenêtre séparée. C’est pratique sur un second écran ou sur un écran mural.

La fenêtre affiche les mêmes images que la fenêtre principale, avec les mêmes niveaux d’affichage. Elle affiche aussi le même cycle, y compris pendant Time Travel. Elle démarre sur la vue de la fenêtre principale. Ensuite, elle a sa propre vue. Vous pouvez y déplacer la vue et zoomer à votre guise, avec ses propres boutons Select tile, Pan et Fit all tiles. Vous ne pouvez rien y modifier. Elle se ferme quand Samurai se ferme.

9L’approche

Avant de pouvoir imager un nouvel échantillon, vous devez amener la face du bloc exactement au couteau. Cette hauteur s’appelle le plan de coupe. Là, le couteau enlève une coupe fine et régulière sur toute la surface. Amener le bloc jusque-là s’appelle l’approche. Vous la réalisez dans l’onglet Approach, chambre ouverte, avec la caméra Digital Viewer posée sur le microtome. Vous observez le couteau et le bloc à travers la caméra.

9.1 L’onglet Approach

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1. Piste du couteau — la position du couteau diamant et la fenêtre de coupe bleue.
2. Boutons du couteau — Cut, déplacement à gauche, déplacement à droite et Retract. Maintenez un bouton de déplacement enfoncé pour déplacer le couteau.
3. Stage Position (position de la platine) — la hauteur de l’échantillon en µm. Cliquez sur le nombre pour saisir une nouvelle hauteur.
4. Échelle de la platine — le pion porte-échantillon monte et descend avec Z.
5. Boutons de la platine — monter, Zero (Find Zero), descendre, et la taille du pas.
6. Caméra — l’image du Digital Viewer, avec ses boutons en haut à droite.
7. Panneau d’approche — état, Start/Stop, cycles et paramètres de coupe.

Les commandes du couteau et de la platine sont grisées lorsque le microtome est déconnecté. C’est aussi le cas lorsque la platine est relevée pour l’imagerie (Imaging Addition, section 15.2). Les commandes sont également verrouillées lorsque le microtome est occupé par une approche, une coupe, un Find Zero ou une acquisition. Survolez la barre latérale pour savoir pourquoi.

9.2 Z et Find Zero

La hauteur de la platine, Z, est affichée en micromètres sous Stage Position. Une valeur plus élevée signifie que l’échantillon est plus haut, donc plus près du couteau. La platine se déplace de 0 à 1300 µm.

Z provient d’un codeur relatif. Le contrôleur sait de combien la platine s’est déplacée depuis la dernière fois qu’il a trouvé sa référence. Il ne sait pas où se trouve la platine dans l’absolu. Find Zero (recherche du zéro) lui donne cette référence.

Pour trouver le zéro : assurez-vous que rien ne se trouve sur le trajet de la platine. Cliquez ensuite sur le bouton Zero, situé entre les flèches haut et bas. La platine descend jusqu’à sa butée basse, où elle ne peut pas aller plus loin. Elle remonte ensuite d’environ 5 µm et définit ce point comme 0.000. L’opération peut prendre jusqu’à une minute, et vous ne pouvez pas l’interrompre. La console indique ensuite Stage zero found.

Lancez Find Zero dans les cas suivants :

• Le contrôleur a été éteint ou a perdu son alimentation. Z indique alors 0, quelle que soit la position réelle de la platine.
• Samurai signale que le pilote du moteur a été réinitialisé et needs re-homing (nécessite une nouvelle prise d’origine). Samurai refuse de couper tant que vous n’avez pas lancé Find Zero.
• Vous n’êtes pas sûr de la position de la platine.

9.3 Déplacer la platine

• Cliquez sur ou pour monter ou descendre la platine d’un pas. Choisissez le pas dans la liste déroulante voisine : 0.5, 1, 10 ou 100 µm.
• Ou cliquez sur le nombre bleu Stage Position, saisissez une hauteur et appuyez sur Enter. La platine se déplace à cette hauteur. Esc annule.

N’utilisez de grands pas que lorsque l’échantillon est loin du couteau. En vous rapprochant, passez à des pas de 1 µm ou 0,5 µm. L’onglet Z Movement de la console liste chaque déplacement.

9.4 Déplacer le couteau

La piste en haut de la barre latérale gauche montre le couteau diamant. Le couteau coupe de droite à gauche. L’extrémité droite de la piste correspond à la position entièrement rétractée (à l’écart de l’échantillon). L’extrémité gauche correspond à la position entièrement avancée.

Régler la fenêtre de coupe

La fenêtre de coupe est la bande bleue transparente sur la piste du couteau. C’est là que le couteau coupe. Chaque coupe traverse la fenêtre à la vitesse de coupe, et le couteau se déplace rapidement en dehors. Cela vaut pour les coupes pendant l’approche, les coupes manuelles et la coupe de chaque cycle d’imagerie. La fenêtre doit couvrir toute la face du bloc.

1. Double-cliquez sur le bord gauche ou droit de la bande bleue. Le bord devient bleu vif et le pointeur prend la forme ↔.
2. Faites glisser le bord à l’endroit voulu.
3. Relâchez. Les bords ne peuvent plus être déplacés. Pour les ajuster encore, double-cliquez de nouveau.

Samurai enregistre la fenêtre automatiquement. Les onglets Approach et Imaging partagent la même fenêtre. Vous ne pouvez pas la modifier pendant qu’une approche est en cours.

9.5 La caméra

Le centre de l’onglet affiche l’image du Digital Viewer. La caméra est éteinte au démarrage de Samurai. Elle s’arrête aussi chaque fois que vous quittez l’onglet Approach. Pour voir l’image, cliquez sur Start camera.

Faites défiler sur l’image pour zoomer (de 1× à 5×). Faites glisser pour la déplacer. L’exposition et la fréquence d’images se trouvent dans une fenêtre séparée, Viewer Settings. Un technicien de maintenance peut l’ouvrir depuis Settings › Service.

Avant le contact

Au plan de coupe

9.6 Paramètres d’approche

Le panneau de droite pilote l’approche automatique.

Cliquez sur une valeur bleue pour en saisir une nouvelle, ou cliquez sur son chevron pour choisir un préréglage. Samurai enregistre les valeurs automatiquement. Vous pouvez les modifier pendant qu’une approche est en cours. Chaque modification s’applique à partir du cycle suivant.

9.7 Déroulement d’un cycle d’approche

1. Le couteau se déplace rapidement jusqu’au début de la fenêtre de coupe.
2. La platine monte de la valeur Thickness.
3. L’oscillateur démarre et le couteau coupe à travers la fenêtre à la vitesse Cut Speed.
4. L’oscillateur s’arrête.
5. La platine descend de la valeur Retract Clearance.
6. Le couteau revient rapidement au début de la fenêtre. Au dernier cycle, il revient jusqu’à la position rétractée.
7. La platine remonte à la hauteur de coupe.

Cliquez sur Start pour commencer. Samurai ne vous demande pas de confirmation. L’état indique Running, et Progress compte les cycles.

Cliquez sur Stop pour terminer. L’état indique Stopping... pendant que le cycle courant s’achève : la coupe, la descente de dégagement et une rétraction complète du couteau. Ensuite, l’approche se termine et l’état indique Idle. Stop n’interrompt jamais une coupe au milieu d’un passage. Chaque Start recommence à compter à partir du cycle 1.

Si Start est grisé, c’est que le microtome est déconnecté, que la platine est relevée pour l’imagerie ou que le microtome est occupé. Si une approche démarre puis revient aussitôt à Idle, consultez l’onglet Errors de la console. La ligne commence par Approach failed:.

9.8 Pas à pas : approcher un nouveau bloc

Approche grossière, chambre ouverte

1. Vérifiez la barre du bas. Microtome doit être vert, et l’indicateur de câble doit afficher ✓.
2. Placez le Digital Viewer sur le microtome et cliquez sur Start camera. Réglez le gamma et le gain jusqu’à voir le tranchant du couteau et la face du bloc.
3. Cliquez sur Retract pour ramener le couteau complètement en arrière.
4. Si la platine n’a pas encore de référence, cliquez sur Zero pour trouver le zéro (section 9.2).
5. Réglez la fenêtre de coupe pour que la bande bleue couvre toute la face du bloc (Régler la fenêtre de coupe).
6. Amenez le diamant au-dessus de l’échantillon. Faites-le glisser, ou maintenez les boutons de déplacement.
7. Montez la platine par pas tout en faisant aller et venir le couteau au-dessus du bloc. Guettez l’ombre ou le reflet de la lame sur la face du bloc.
8. Réduisez le pas à mesure que vous vous rapprochez : 100, puis 10, puis 1 µm. Continuez jusqu’à ce que le reflet soit sur le point de rejoindre la lame. Ne laissez jamais le couteau enlever une tranche épaisse.

Approche fine avec des cycles automatiques

1. Dans le panneau d’approche, réglez Thickness, une Cut Speed élevée et Total Cycles. Par exemple, utilisez une épaisseur de 200 nm pour une première approche rapide, et une vitesse de coupe de 5 mm/s.
2. Cliquez sur Start et observez le couteau et le bloc à travers la caméra.
3. Le couteau coupe généralement d’abord un coin. Attendez qu’il coupe la totalité de la face du bloc, puis cliquez sur Stop.

Après la mise sous vide

1. Cliquez sur Stop camera, puis retirez le Digital Viewer.
2. Chassez les débris de la face du bloc avec un léger jet d’air sec ou d’azote.
3. Fermez la chambre et lancez la mise sous vide.
4. Abaissez la platine de 2 µm, car l’échantillon peut légèrement changer sous vide. Cliquez deux fois sur avec un pas de 1 µm, ou saisissez la nouvelle hauteur.
5. Une fois le vide établi, lancez des cycles d’approche jusqu’à avoir coupé au moins 2 µm. Ainsi, le couteau retrouve bien la surface. (Matière enlevée = cycles × épaisseur.)
6. Terminez par quelques coupes lentes, par exemple à 0,1 mm/s. Vous obtenez ainsi une surface lisse pour l’imagerie.
7. Passez à l’onglet Imaging. Samurai enregistre le Z actuel comme plan de coupe.

9.9 En cas de problème

10Expériences

Une expérience regroupe tout ce qui concerne une acquisition sur un échantillon. Cela comprend ses régions d’intérêt et ses tuiles, ses cycles et leurs paramètres, toutes les images et l’avancement à ce stade. Vous créez et ouvrez les expériences dans le panneau Experiment, en haut de la barre latérale gauche de l’onglet Imaging.

Le panneau comporte trois boutons : Load experiment from file (charger une expérience depuis un fichier), New experiment (nouvelle expérience) et Save as copy (enregistrer une copie). Vous ne pouvez pas les utiliser pendant qu’une acquisition est en cours.

10.1 Créer une expérience

Le microscope doit d’abord être connecté. Une expérience mémorise le microscope auquel elle appartient.

1. Cliquez sur New experiment. Un formulaire s’ouvre dans le panneau.
2. Saisissez un nom dans Experiment Name.
3. Cliquez sur le bouton dossier (Select save folder) et choisissez l’emplacement des images. Save to: affiche le dossier choisi. Samurai mémorise votre dernier choix.
4. Si une autre expérience est ouverte, vous pouvez cocher Copy ROIs from ‹son nom›. La nouvelle expérience démarre alors avec les régions d’intérêt de cette expérience (Partir des ROI d’une autre expérience).
5. Cliquez sur ✓ Create experiment, ou appuyez sur Enter.

Samurai crée un nouveau dossier dans celui que vous avez choisi. Le nom du dossier est le nom de l’expérience suivi de la date et de l’heure, par exemple mouse-cortex-20260925-101500. Samurai ouvre ensuite aussitôt la nouvelle expérience. Si Samurai ne peut pas écrire dans le dossier, il vous le signale avant de créer quoi que ce soit.

• Un nom déjà utilisé ? Si une expérience du même nom existe déjà, Samurai demande confirmation avant d’en créer une seconde (Create Anyway, pour créer quand même). Samurai conserve les deux comme des expériences distinctes, mais des noms identiques peuvent prêter à confusion par la suite.
• Lecteurs réseau. Certains microscopes écrivent leurs images directement dans un dossier partagé. Pour ceux-ci, Samurai vous rappelle que l’emplacement d’enregistrement doit être un lecteur réseau accessible depuis le PC du microscope.

Partir des ROI d’une autre expérience

Copy ROIs from … copie les régions d’intérêt et leurs tuiles. Cela comprend leurs positions, leurs tailles, le recouvrement, le temps de pose, les marques d’autofocus et les tuiles désactivées. Leurs images et leur historique ne sont pas copiés. Les ROI copiées sont déverrouillées au départ, et chaque tuile repart de zéro. Avant de les utiliser, vérifiez les positions par rapport au nouvel échantillon.

10.2 Ouvrir une expérience

Cliquez sur Load experiment from file. La boîte de dialogue s’ouvre dans le dossier des expériences de Samurai. Vous pouvez choisir :

• le fichier de base de données de l’expérience (.db), ou
• le fichier .samurai3-db situé dans le dossier de données de l’expérience. Ce petit fichier pointe vers la base de données. Le choisir est souvent plus simple, car vous savez où se trouve le dossier de données.

Avant le chargement, Samurai vérifie le microscope. Si l’expérience a été créée sur un autre microscope que celui qui est connecté, Samurai ne la charge pas. Il affiche SEM does not match experiment (le MEB ne correspond pas à l’expérience). Connectez le bon microscope et réessayez.

Si Samurai a été fermé ou s’est arrêté brutalement pendant une acquisition, celle-ci s’ouvre avec l’état Stopped (arrêtée). Une note dans la console indique la dernière tuile terminée. Appuyez sur Start pour reprendre à partir de là (section 15.10).

10.3 Enregistrer une copie

Cliquez sur Save as copy pour faire une copie de l’expérience ouverte. Faites-le par exemple avant d’essayer des modifications risquées, ou pour transmettre un jeu de données à quelqu’un d’autre.

1. Saisissez un nom pour la copie et choisissez un dossier. Samurai propose ‹nom›_copy.
2. Pour copier aussi les données d’image, cochez Include images (if any exist) (inclure les images, s’il y en a). Laissez la case décochée pour ne copier que les paramètres, les ROI et les cycles.
3. Cliquez sur ✓ Save copy. L’original reste ouvert. Pour passer à la copie, cliquez sur Open copy dans l’encadré vert.

La copie est une expérience entièrement distincte, avec sa propre identité.

10.4 Ce qui est enregistré, et quand

Tout est enregistré automatiquement. Il n’y a pas de bouton Save. Samurai écrit chaque modification immédiatement dans la base de données de l’expérience, puis la relit. Ce que vous voyez correspond donc à ce qui est stocké. Pendant que Samurai écrit, le pointeur affiche brièvement un petit indicateur de chargement (section 6.5).

Sont enregistrés avec l’expérience :

• les ROI, les tuiles et tous leurs paramètres, pour chaque cycle ;
• les cycles, leurs paramètres du microtome et leur avancement ;
• les masques et les références, ainsi que leur gating (les tuiles qu’ils excluent) ;
• la position de la vue (viewport), les superpositions et les vues enregistrées, ainsi que les niveaux de l’histogramme.

Certains éléments sont plutôt enregistrés une seule fois pour toute l’installation, dans les paramètres de Samurai. Il s’agit des valeurs de l’onglet Approach, de la fenêtre de coupe, de la boîte de dialogue Settings et de vos paramètres de connexion.

10.5 Emplacement des fichiers

Sur le disque, une expérience se compose de deux parties :

• La base de données (.db) est conservée sur le disque local du PC Samurai, dans le dossier des expériences de Samurai. Sous Windows, il s’agit de %LOCALAPPDATA%\Samurai3\experiments. La garder en local la protège si un lecteur réseau se déconnecte.
• Le dossier de données est celui que vous avez choisi. Il contient les images et tout ce qui est produit pendant l’acquisition. Les images acquises se trouvent dans acquisition.zarr. Il y a un stockage d’images par ROI, qui contient toutes les images de cette ROI (chapitre 33, « Données et fichiers »).

10.6 Changer d’expérience

Lorsque vous ouvrez ou créez une autre expérience, Samurai fait trois choses :

• Il efface l’historique d’annulation, car cet historique appartient à l’expérience que vous avez quittée.
• Il passe le PCN sur Off et laisse l’aiguille de gaz là où elle se trouve (section 20.3).
• Il désactive toutes les séquences de script actives. Ainsi, l’automatisation configurée pour une expérience ne s’exécute pas dans la suivante. Les séquences elles-mêmes sont conservées. Si l’expérience que vous ouvrez possède ses propres séquences, elle les rétablit à la place.

Vous ne pouvez ni ouvrir ni créer d’expérience pendant qu’une acquisition est en cours.

11Paramètres d’imagerie et aperçus

De bonnes données d’imagerie en bloc sériel demandent un équilibre entre trois facteurs qui s’opposent :

• la finesse de vos coupes
• la quantité de signal que reçoit chaque image
• les dommages dus au faisceau que le bloc peut supporter

Ce chapitre indique où se trouve chaque réglage et comment prendre des images d’aperçu. Il vous aide aussi à choisir de bonnes valeurs de départ.

11.1 Qui contrôle quoi

Samurai et le microscope se partagent le travail :

Le panneau SEM se trouve dans la barre latérale droite de l’onglet Imaging. Il affiche ce que signale le microscope. Il vous sert aussi à prendre des images d’aperçu.

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1. Center viewport to stage position (centrer la vue sur la position de la platine).
2. Grab Image (acquérir une image) prend une image avec le champ de vue actuel. Grab Image at 100x prend une vue d’ensemble à faible grossissement.
3. Valeurs lues sur le microscope : X et Y de la platine, tension du faisceau, courant de sonde, champ de vue, distance de travail, taille de pixel et dose électronique. Vous ne pouvez pas les modifier ici.
4. Paramètres d’aperçu : le temps de pose (ou le temps de trame, ou le mode de balayage) et la taille d’image. Ils s’appliquent seulement au bouton Grab Image.
5. XY Offset — corrige un décalage de la platine (section 19.1).

Les commandes du panneau dépendent de votre microscope. Par exemple :

• Les microscopes Hitachi SU3800/SU3900 utilisent un Frame Time (temps de trame) au lieu d’un temps de pose.
• Le SU7000 ajoute Line Integration (intégration de lignes).
• Les microscopes JEOL proposent un Scan Mode (mode de balayage) au lieu d’un temps de pose.

Certains microscopes acceptent n’importe quelle taille d’image. D’autres proposent une liste fixe.

11.2 Prendre une image d’aperçu

Un aperçu est généralement une grande image rapide de toute la face du bloc. Il vous sert à vous repérer et à placer vos régions d’intérêt.

1. Réglez le champ de vue sur le microscope. Ou utilisez Grab Image at 100x. Ce bouton règle d’abord un champ de vue de 1280 µm, et le microscope reste sur ce champ après l’acquisition.
2. Dans le panneau SEM, choisissez le temps de pose et la taille d’image de l’aperçu.
3. Cliquez sur Grab Image. Une barre de progression défile en bas de la vue (viewport).
4. L’aperçu apparaît dans la vue, à sa position réelle. Samurai l’ajoute aussi à la liste SEM Previews.

Si Imaging Addition (surélévation pour l’imagerie) est activé, Samurai monte la platine à la hauteur d’imagerie pour l’acquisition de l’image. Ensuite, il redescend la platine (section 15.2). Pendant l’acquisition, vous pouvez l’annuler avec le ✕ rouge.

SEM Previews répertorie vos images d’aperçu. Cliquez sur l’en-tête pour déplier la liste.

• Cliquez sur un aperçu pour le sélectionner. Samurai l’affiche alors au premier plan, en pleine opacité. Cliquez à nouveau dessus pour le désélectionner. Les aperçus non sélectionnés sont affichés à demi-opacité, pour ne jamais masquer vos données.
• centre la vue sur l’aperçu. L’œil le masque ou l’affiche.
• Cliquez sur , puis sur ✓. Samurai le supprime définitivement du disque.

Tiles Previews répertorie les captures que vous avez faites avec les boutons appareil photo du panneau des ROI. Une capture peut être une seule tuile ou une ROI entière (section 12.6). Cliquez sur une capture pour sélectionner les tuiles qu’elle couvre. La capture s’affiche alors aussi en pleine opacité. Autofocus Images répertorie les images de référence prises après chaque autofocus intégré.

11.3 Taille de pixel, champ de vue et taille d’image

Trois grandeurs décrivent chaque image. Si vous en choisissez deux, la troisième en découle :

field of view = image width in pixels × pixel size

Par exemple, 2048 pixels de 10 nm donnent une image de 20,48 µm de large. Si vous doublez le nombre de pixels et gardez la même taille de pixel, le champ double. Si vous gardez le champ et doublez le nombre de pixels, chaque pixel devient deux fois plus petit. La section 12.4 montre comment cela détermine la taille de vos tuiles. Elle propose aussi un calculateur.

11.4 Tension du faisceau et profondeur observée

La tension du faisceau détermine jusqu’à quelle profondeur les électrons entrent dans le bloc. Elle détermine donc aussi quelle part de la matière située sous la face du bloc apparaît dans chaque image. Pour les échantillons biologiques, on utilise typiquement 2 à 4 kV.

Règle empirique : quand vous coupez plus fin, baissez la tension. Des coupes d’environ 50 à 100 nm conviennent bien vers 3 à 4 kV. Des coupes de 30 nm ou moins demandent généralement 1,5 à 2 kV, pour que le faisceau reste dans une seule coupe.

11.5 Dose, signal et coupe

Chaque image laisse des électrons dans le bloc. Si le bloc en reçoit trop, la résine se ramollit et ne se coupe plus proprement. Le panneau SEM affiche la dose électronique en e⁻/nm². Elle indique combien d’électrons reçoit chaque nanomètre carré lors d’un aperçu avec les paramètres actuels :

dose = probe current × dwell time ÷ pixel area

Quelques exemples de cet équilibre :

• Avec une dose très faible, inférieure à environ 1 e⁻/nm², vous pouvez faire des coupes très fines, par exemple de 15 nm. Mais les images deviennent bruitées, et le bruit limite de toute façon la résolution.
• Plusieurs images par coupe, un rapport signal/bruit très élevé ou des pixels très petits peuvent vous obliger à couper plus épais. Par exemple, vous devrez peut-être faire des coupes de 100 nm pour que la coupe reste propre.
• Un détecteur d’électrons rétrodiffusés plus sensible donne le même signal avec une dose plus faible, ce qui vous permet de couper plus fin.

11.6 Un bon point de départ

La SBF-SEM (MEB en bloc sériel) a une « zone idéale » (sweet spot) pour un échantillon biologique bien contrasté et inclus en résine. Dans cette zone, il est facile d’obtenir de bons résultats :

Ajustez ensuite :

• Pour couper plus fin, baissez la dose ou la tension, ou utilisez un détecteur plus sensible.
• Si vous avez besoin de plus de signal ou de pixels plus petits, coupez plus épais.
• Si le bloc présente des effets de charge (une accumulation d’électrons qui dégrade l’image) ou s’il est endommagé, baissez la dose ou la tension.

11.7 Oscillation du couteau

Le couteau oscille (il vibre très vite) pendant la coupe. Cela améliore la coupe, et cela peut vous permettre de faire des coupes plus fines. La meilleure fréquence dépend de l’échantillon. Les fréquences de 5, 12 et 37 kHz sont connues pour donner une bonne oscillation dans le plan : le couteau vibre alors dans son propre plan. Samurai les propose comme préréglages. Par défaut, Samurai utilise 50 kHz avec une amplitude de 50 %. Laissez l’oscillateur activé sur un préréglage. Ne modifiez la fréquence ou l’amplitude que si vous voyez des artefacts de coupe.

Vous réglez l’oscillateur d’une expérience dans Microtome Settings (paramètres du microtome), dans l’onglet Imaging (section 15.1). L’onglet Approach a ses propres réglages d’oscillateur (section 9.6).

12Régions d’intérêt et tuiles

Une région d’intérêt (ROI) est une zone de la face du bloc que vous voulez imager. Samurai remplit chaque ROI d’une grille de tuiles. Chaque tuile est une image MEB. Une expérience peut comporter plusieurs ROI, et chaque ROI a sa propre taille d’image, sa propre taille de pixel et ses propres temps d’acquisition.

12.1 Le panneau des ROI

Le panneau ROIs de la barre latérale droite répertorie vos ROI. Sous la liste, vous voyez ROI Settings (paramètres de la ROI) pour la ROI sélectionnée, ou Tile Settings (paramètres des tuiles) pour les tuiles sélectionnées.

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1. Ligne de ROI — le chevron affiche les tuiles de la ROI. Le nombre indique combien elle en compte.
2. Drag to reorder acquisition order (faire glisser pour modifier l’ordre d’acquisition).
3. Center viewport on ROI (centrer la vue sur la ROI) et Capture ROI (all tiles) (capturer la ROI, toutes les tuiles).
4. Œil — affiche ou masque la ROI dans la vue (viewport). Une ROI masquée est tout de même imagée.
5. — désactive ou active toutes les tuiles de la ROI.
6. — le verrou de la ROI (section 13.1). — supprime la ROI.
7. Lignes de tuiles — capture, AF (autofocus), marqueur de référence et désactivation.

La plupart des boutons d’une ligne apparaissent quand vous survolez la ligne. Cliquez sur une ligne pour sélectionner la ROI ou la tuile. La vue suit votre sélection.

Quand le pointeur n’est pas dans un champ de texte, vous pouvez utiliser ces touches :

• ↑ ↓ parcourent la liste.
• → déplie une ROI.
• ← la replie.

Dans la liste des tuiles, Ctrl/⌘-clic ajoute des tuiles à la sélection ou les en retire. Cela fonctionne même d’une ROI à l’autre.

Une fois les cycles (les tours d’imagerie et de coupe) créés, la liste affiche chaque ROI précédée de son numéro de cycle, par exemple 12-ROI_1. Ce numéro vous indique que la ligne appartient au cycle que vous consultez.

12.2 Dessiner une ROI

1. Vérifiez qu’une expérience est ouverte et que le microscope est connecté. Prenez un aperçu pour voir où dessiner (section 11.2).
2. Appuyez sur D, ou cliquez sur Draw ROI dans la barre d’outils. Le panneau affiche New ROI (nouvelle ROI) : la taille de tuile, la taille de pixel, le temps de pose et le recouvrement que recevra la prochaine ROI. Modifiez-les si nécessaire.
3. Tracez un rectangle sur la zone voulue. Pour aligner son coin et sa taille sur la grille visible, maintenez G enfoncée.
4. Relâchez le bouton de la souris. La nouvelle ROI apparaît avec ses tuiles, et Samurai la sélectionne. ROI Settings s’ouvre.

• L’outil de dessin reste actif : vous pouvez donc dessiner aussitôt une autre ROI. Pour revenir à l’outil Select, appuyez sur V ou cliquez sur une ligne. Esc active l’outil Hand.
• Une ROI plus petite qu’une tuile est agrandie à la taille d’une tuile entière.
• Si une ROI compte plus de 1 000 tuiles, Samurai vous demande de confirmer (Large Tile Count). Samurai n’accepte pas les grilles de plus de 10 000 tuiles.
• Les ROI sont nommées ROI_1, ROI_2, et ainsi de suite.
• Pour une très grande ROI, un panneau Generating tiles... (génération des tuiles) avec un bouton Cancel apparaît brièvement.

Si des cycles existent déjà, Samurai ajoute la nouvelle ROI à chaque cycle. Dans les cycles antérieurs au cycle en cours, elle est créée désactivée. La nouvelle ROI n’est donc imagée qu’à partir de maintenant.

12.3 Paramètres de la ROI (ROI Settings)

Sélectionnez une ROI pour voir ses paramètres. Pour modifier une valeur bleue, cliquez dessus et saisissez-en une nouvelle. Appuyez sur Enter pour valider ou sur Esc pour annuler. Vous pouvez aussi choisir une nouvelle valeur dans sa liste déroulante.

Si vous modifiez la taille d’image, la taille de pixel, le recouvrement ou la taille de la ROI, Samurai reconstruit la grille de tuiles. Les tuiles désactivées et les temps de pose définis par tuile sont conservés. Samurai les retrouve d’après le nom de la tuile.

Une fois les cycles créés, une modification s’applique du cycle en cours jusqu’à la fin de l’acquisition. Si vous consultez un cycle futur, la modification commence plutôt à ce cycle (section 14.3). Vous ne pouvez pas modifier les cycles passés.

12.4 Taille des tuiles, recouvrement et grille

La taille d’une tuile sur l’échantillon est égale à son nombre de pixels multiplié par sa taille de pixel. Les tuiles voisines sont espacées d’un pas. Le pas est la taille de tuile diminuée du recouvrement :

• largeur de tuile = largeur en pixels × taille de pixel
• pas = largeur de tuile × (1 − recouvrement)
• nombre de tuiles en largeur = le plus grand nombre entier de tuiles qui tient dans la ROI

La grille commence au coin supérieur gauche de la ROI. Samurai ne garde que les tuiles entières qui tiennent complètement dans la ROI. Si votre ROI est un peu plus grande qu’un nombre entier de tuiles, une fine bande non imagée reste donc le long de son bord droit ou inférieur. C’est voulu : votre ROI garde la taille que vous avez dessinée. Si vous avez besoin de cette bande, agrandissez légèrement la ROI ou modifiez le recouvrement.

Les tuiles sont nommées d’après leur lettre de colonne et leur numéro de ligne. La ligne du haut est A1, B1, C1 …, puis la ligne suivante commence à A2 …, et ainsi de suite. Dans les grilles larges, les lettres de colonne continuent par Z, AA, AB …. Dans une ROI, Samurai image les tuiles dans cet ordre, ligne par ligne.

12.5 Travailler avec les tuiles

Activer et désactiver des tuiles

Désactivez les tuiles dont vous n’avez pas besoin, comme la résine vide ou les zones endommagées. Vous économisez ainsi du temps et de la dose électronique. Une tuile désactivée est ignorée par l’acquisition, par les captures de ROI et par l’EDS. Elle est dessinée avec un contour orange en pointillés.

Une fois les cycles créés, la modification s’applique à partir du cycle en cours. Si vous consultez un cycle futur, elle s’applique à partir de ce cycle. Par exemple, vous pouvez désactiver une zone endommagée à partir du cycle 50 et la réactiver à partir du cycle 60 (section 14.3). Vous pouvez désactiver et activer des tuiles pendant une acquisition, et aussi sur une ROI verrouillée.

Paramètres des tuiles (Tile Settings)

Sélectionnez une ou plusieurs tuiles pour afficher Tile Settings :

• Dwell Time ou Frame Time — un temps de pose réservé aux tuiles sélectionnées. Il remplace la valeur de la ROI jusqu’à ce que vous modifiiez à nouveau le temps de pose de la ROI.
• Pour une seule tuile : Pixel size (taille de pixel), Electron dose (dose électronique), Size (taille) et Imaging time (durée d’imagerie). La dose n’apparaît que sur les microscopes qui indiquent le courant de sonde.
• Disable Tile / Disable Selected Tiles.
• Auto Focus / Auto Focus Selected — marquent les tuiles pour l’autofocus.

Tuiles d’autofocus

Pour utiliser une tuile pour l’autofocus, cliquez sur la pastille AF de sa ligne, ou activez Auto Focus dans Tile Settings. La pastille devient cyan. Choisissez des tuiles avec des structures nettes et bien contrastées, et évitez la résine vide. Les tuiles d’autofocus ont un contour cyan dans la vue. Les méthodes sont décrites au chapitre 17, « Autofocus et correction automatique de l’astigmatisme ».

Tuiles de référence

Le marqueur lune/soleil d’une ligne de tuile désigne une tuile de référence pour les corrections d’image. Chaque clic fait passer le marqueur à l’état suivant : aucun → référence sombre → référence claire → aucun.

• La référence sombre (lune) est capturée avec le faisceau occulté.
• La référence claire (soleil) sert à mesurer la dérive de l’image.

Utilisez deux tuiles différentes pour la référence sombre et la référence claire. La section 16.4 explique à quoi elles servent.

12.6 Capturer immédiatement une tuile ou une ROI

Les boutons appareil photo prennent des images tout de suite, en dehors d’une acquisition. Utilisez-les par exemple pour vérifier la mise au point et les réglages avant de commencer, ou pour imager une région une seule fois.

• sur une ligne de tuile capture cette tuile.
• sur une ligne de ROI correspond à Capture ROI (all tiles). Ce bouton capture toutes les tuiles actives de la ROI, dans l’ordre. Si certaines tuiles de la ROI sont sélectionnées, il ne capture que celles-ci.

Samurai déplace la platine vers chaque tuile. Si un déplacement dépasse 10 mm, Samurai vous demande d’abord de le confirmer. Si Imaging Addition est activé, Samurai surélève la platine pour l’imagerie. Chaque image apparaît à sa place dans la vue. Pendant que Samurai travaille, le bouton appareil photo devient une icône qui tourne et un ✕ rouge. Cliquez sur le ✕ pour annuler.

Les captures sont répertoriées sous Tiles Previews dans le panneau SEM (section 11.2). Ce sont des aperçus, qui ne font pas partie des données des cycles.

Vous ne pouvez pas utiliser les boutons appareil photo :

• pendant une acquisition
• pendant la prise d’une autre image
• quand vous consultez un autre cycle dans Time Travel

12.7 Plusieurs ROI

• L’ordre d’acquisition suit la liste, de haut en bas. Pour le modifier, faites glisser la poignée . Une ligne indique où la ROI sera placée.
• L’ordre d’affichage dans la vue est un choix distinct. Là où des ROI se chevauchent, la flèche à côté de ROIs dans la liste Overlays détermine laquelle est dessinée au premier plan. Vos clics vont aussi à la ROI du premier plan. L’ordre d’affichage ne modifie pas l’ordre d’acquisition.
• Des paramètres différents pour chaque ROI. Chaque ROI a sa propre taille d’image, sa taille de pixel, ses temps d’acquisition, son recouvrement, son intervalle Image Every, ses tuiles d’autofocus et ses tuiles désactivées. Par exemple, vous pouvez imager une grande ROI de vue d’ensemble tous les 10 cycles avec de grands pixels, et une petite ROI détaillée à chaque cycle.

12.8 Supprimer une ROI

Survolez la ligne de la ROI et cliquez sur . Puis cliquez sur le ✓ rouge pour confirmer, ou cliquez n’importe où ailleurs pour annuler. Samurai supprime la ROI de tous les cycles. Les images déjà enregistrées sur le disque sont conservées.

Vous ne pouvez pas supprimer une ROI pendant une acquisition. Vous ne pouvez pas non plus supprimer une ROI verrouillée (« Unlock this ROI before deleting it » : déverrouillez cette ROI avant de la supprimer). Pour annuler une suppression, appuyez sur Ctrl/⌘+Z. Si vous voulez seulement cesser d’imager une ROI, désactivez plutôt ses tuiles.

13Verrouiller la géométrie des ROI

Dès qu’une ROI a des images, sa position et sa grille ne doivent pas changer par accident. Sinon, les nouvelles images ne seraient plus alignées avec les anciennes. Et quand vous configurez une ROI, vous voulez souvent fixer un élément, par exemple une grille de 3 × 3. Samurai calcule alors le reste. Pour ces deux besoins, Samurai propose deux types de verrou.

13.1 Le verrou de ROI

Pour verrouiller ou déverrouiller une ROI, cliquez sur le cadenas de sa ligne. Vous pouvez aussi utiliser la pastille Locked / Unlocked en haut de ROI Settings. Une ROI verrouillée affiche un cadenas ambre.

Vous ne pouvez pas déplacer, redimensionner ni supprimer une ROI verrouillée. Vous ne pouvez pas non plus modifier sa taille d’image, sa taille de pixel, son mode de balayage, son recouvrement, sa taille ou sa grille. Une annulation ne peut pas non plus la modifier.

Vous pouvez toujours :

• la renommer, la masquer ou l’afficher, et la réordonner
• désactiver des tuiles, et marquer des tuiles d’autofocus et de référence
• modifier son temps de pose, son temps de trame, son intégration de lignes et Image Every
• la capturer, et bien sûr l’imager

Samurai verrouille lui-même les ROI à deux moments :

• Quand vous générez les cycles pour la première fois (section 14.1). Samurai verrouille alors toutes les ROI.
• Quand une capture manuelle produit une image de la ROI (section 12.6).

Par ailleurs, Samurai fige la géométrie de toutes les ROI pendant une acquisition. Cela se produit quel que soit l’état du verrou de la ROI.

13.2 Verrous de paramètres

Vous pouvez verrouiller six paramètres :

Les verrous sont stricts. Quand vous modifiez un paramètre, les autres paramètres non verrouillés s’ajustent pour que l’ensemble reste cohérent. Mais parfois, votre modification ne pourrait se faire qu’en enfreignant un verrou. Samurai n’applique alors aucune modification. Un avis, Change blocked by a lock (modification bloquée par un verrou), nomme les verrous qui font obstacle, et ceux-ci clignotent en rouge. Le rouge le plus foncé désigne le verrou qu’il faudrait déverrouiller en premier. Rien n’est enregistré tant que la modification n’est pas possible.

Cible et valeur réelle. Quand vous verrouillez une valeur, Samurai la mémorise comme cible. Certains microscopes ne peuvent pas fournir exactement toutes les valeurs, par exemple un microscope à paliers de grandissement fixes. Si la valeur obtenue diffère de votre cible, l’infobulle du cadenas affiche les deux valeurs. Le cadenas a alors trois états :

1. Verrouillé sur votre cible.
2. Un clic : reverrouillage sur la valeur fournie par le microscope.
3. Un nouveau clic : déverrouillé.

Si vous saisissez une nouvelle valeur dans un champ verrouillé, la cible du verrou passe à cette nouvelle valeur.

13.3 Quel paramètre cède

Quand vous modifiez un paramètre, plusieurs paramètres non verrouillés peuvent parfois s’ajuster pour en tenir compte. Samurai utilise alors une liste de priorité pour choisir celui qui change : Settings › Advanced › ROI Lock Priority (priorité des verrous de ROI).

• L’élément du bas cède en premier.
• L’élément du haut est préservé le plus longtemps.
• Les éléments verrouillés ne changent jamais.

L’ordre par défaut, du plus protégé au premier à céder :

1. Tile count (nombre de tuiles)
2. Overlap (recouvrement)
3. Aspect ratio (rapport d’aspect)
4. Resolution (résolution)
5. Pixel size (taille de pixel)
6. ROI size (taille de la ROI)

Certains microscopes, comme les JEOL, ne permettent pas à Samurai de régler la résolution. Sur ces microscopes, Resolution est au départ en tête de liste. Samurai mémorise l’ordre et les verrous pour chaque microscope.

Quelques cas typiques :

• Modifier la largeur, sans aucun verrou : le champ de vue reste le même, donc la taille de pixel change.
• Taille de pixel verrouillée : modifier la largeur change plutôt le champ de vue.
• Rapport d’aspect verrouillé : si vous modifiez la largeur ou la hauteur, l’autre change aussi, pour garder le rapport.
• Nombre de tuiles verrouillé : si vous modifiez le recouvrement, la résolution ou la taille de pixel, Samurai redimensionne la ROI pour que les tuiles y tiennent exactement. Il ne modifie pas votre taille de pixel à la place.
• Saisir une nouvelle taille de ROI a priorité sur la liste. La ROI prend la taille saisie. Si le nombre de tuiles est verrouillé, elle prend la taille la plus proche qui convient exactement.

Les verrous de taille de ROI, de nombre de tuiles, de recouvrement et de résolution suivent la ROI sélectionnée. Quand vous sélectionnez une autre ROI, ces verrous reprennent leurs cibles à partir de cette ROI. Un verrou de taille de pixel garde sa cible quand vous sélectionnez une autre ROI.

13.4 Aides pour la taille de pixel

• Des flèches ‹ › apparaissent à côté de la taille de pixel quand seules certaines tailles de pixel sont possibles. C’est le cas sur les microscopes à grandissements fixes, ou quand la taille de la ROI et le recouvrement sont tous deux verrouillés. Chaque clic passe à la valeur possible suivante.
• Un petit indicateur placé après la valeur vous dit ce qu’il est advenu de votre saisie :
  • snapped : ramenée à la valeur la plus proche que le microscope peut fournir.
  • CLAMPED : limitée à l’extrémité de la plage possible.
  • source : ce microscope ne permet pas à Samurai de régler le champ de vue. La taille de pixel enregistre seulement ce que le microscope fournit.
• Certains microscopes ne permettent pas à Samurai de régler la résolution. Si Samurai modifie la résolution sur un tel microscope, une note ambre affiche Update the SEM resolution manually (mettez à jour manuellement la résolution du MEB). Réglez la nouvelle taille sur le PC du microscope.

13.5 Agrandir une ROI sans déplacer ses tuiles

Il arrive qu’une structure apparaisse au bord du bloc en cours d’acquisition. Vous voulez alors étendre la ROI pour l’inclure, sans perturber les tuiles déjà imagées. Pour cela, faites glisser un coin de la ROI.

• Sélectionnez la ROI avec l’outil Select. Une poignée bleue apparaît à son coin inférieur droit. Une fois les cycles créés, une poignée violette apparaît aussi à son coin supérieur gauche.
• Faites glisser une poignée pour ajouter ou retirer des lignes et des colonnes entières de tuiles. La taille des tuiles, la taille de pixel et le recouvrement restent exactement tels qu’ils étaient. Il en va de même pour chaque tuile existante, avec son nom et sa position.
• Vous ne pouvez pas réduire la ROI au-delà de la tuile A1.
• Les colonnes ajoutées à gauche sont nommées XA, XB, …. Les lignes ajoutées au-dessus sont numérotées 0, −1, …, par exemple XA-1. Ainsi, les tuiles d’origine gardent leur nom.
• Vous ne pouvez faire glisser que les coins, pas les bords.

Si le verrou ROI size est actif, Samurai refuse le glissement, et la ligne Size clignote. Si le verrou Tile count est actif, il prend le nouveau nombre comme cible. Une ROI verrouillée n’affiche aucune poignée : déverrouillez-la d’abord.

14Cycles et Time Travel

Un cycle est un tour du processus d’imagerie en bloc sériel. D’abord, Samurai image la face du bloc : toutes les tuiles actives de toutes les ROI. Puis il enlève une coupe pour exposer la face suivante. Le cycle 1 image la surface que vous avez préparée pendant l’approche.

Vous planifiez une expérience sous la forme d’un certain nombre de cycles. Chaque cycle garde sa propre copie des ROI, des tuiles et des paramètres du microtome. Vous pouvez ainsi planifier des modifications pour l’avenir et revenir sur le passé.

14.1 Générer les cycles

Lorsque vos ROI sont prêtes, créez les cycles :

1. Dans la barre latérale gauche, cliquez sur le nombre Total Cycles. Saisissez le nombre de cycles voulu. Vous pourrez en ajouter plus tard.
2. Cliquez sur le bouton violet Generate Cycles, juste à côté. Son infobulle indique Generate N cycles.

Ensuite, Samurai :

• crée un cycle par coupe, chacun avec les paramètres actuels du microtome et une hauteur Z prévue
• copie chaque ROI et chaque tuile dans chaque cycle
• verrouille toutes les ROI, pour que leur géométrie ne puisse pas changer par accident (section 13.1)
• affiche la commande Time Travel en haut de la barre latérale droite
• remplace le bouton Generate par Start

Il vous faut au moins une tuile active. Après la génération, vous pouvez encore modifier Total Cycles :

• Un nombre plus grand ajoute des cycles à la fin, même pendant une acquisition.
• Un nombre plus petit supprime des cycles à la fin. Il ne supprime jamais un cycle déjà commencé.

14.2 Time Travel

Time Travel vous permet de consulter n’importe quel cycle : passé, présent ou futur. L’acquisition elle-même se poursuit toujours au cycle en cours (celui où en est l’acquisition, ou celui par lequel elle commencera). Time Travel ne change que ce que vous voyez, et le cycle à partir duquel vos modifications s’appliquent.

Quand vous consultez un autre cycle :

• La commande est bleue avec PAST pour un cycle passé. Elle est violette avec FUTURE pour un cycle futur.
• La vue (viewport) a un cadre sépia (brun) pour un cycle passé, et un cadre violet pour un cycle futur.
• La vue affiche les tuiles et les images de ce cycle.
• Microtome Settings affiche les valeurs de ce cycle, avec (Cycle N) à côté du titre.

Chaque pas émet un petit clic sonore. Pour le désactiver, utilisez Settings › General › Time Travel Click Sound.

14.3 Portée des modifications

Les modifications ne réécrivent jamais le passé. Elles s’appliquent vers l’avant, d’un cycle de départ jusqu’à la fin de l’acquisition :

Une modification temporaire nécessite deux interventions. Par exemple, pour ignorer une zone endommagée pendant dix cycles :

1. Allez au cycle 50 et désactivez les tuiles situées sur la zone endommagée.
2. Allez au cycle 60 et réactivez-les.

Vérifiez ensuite les deux cycles. Si vous faites plus tard une modification qui commence plus tôt, par exemple au cycle 40, elle réécrit de nouveau vers l’avant. Elle remplace alors vos deux interventions.

14.4 Annuler et rétablir

Samurai garde un historique de vos modifications dans l’onglet Imaging. Pour annuler, appuyez sur Ctrl/⌘+Z. Pour rétablir, appuyez sur Ctrl/⌘+Shift+Z ou Ctrl/⌘+Y.

Le bouton History (historique), dans le coin supérieur gauche de la vue, indique où vous en êtes dans l’historique, par exemple 7/12. Cliquez dessus pour voir la liste, de la plus récente à la plus ancienne entrée. Cliquez sur une entrée pour revenir jusqu’à elle, ou pour avancer de nouveau. Clear history fait de l’état actuel le nouveau point de départ.

Ce qui est enregistré :

• la création, la suppression, le déplacement et le redimensionnement des ROI
• les paramètres, la visibilité, le verrouillage et le réordonnancement des ROI
• l’activation et la désactivation des tuiles
• les marques d’autofocus et de référence
• le temps de pose par tuile
• les modifications des masques et des références, et les images clés

Ce qui n’est pas enregistré :

• les paramètres du microtome
• la génération des cycles
• le démarrage, l’arrêt et les sauts
• la création ou la suppression d’un masque
• la Sync du gating
• les paramètres matériels et d’acquisition
• le panoramique, le zoom et la sélection

Bon à savoir :

• Samurai exécute une annulation comme une nouvelle modification. Elle suit donc les règles qui s’appliquent maintenant. Par exemple, annuler le déplacement d’une ROI déplace à nouveau la ROI, à partir du cycle en cours.
• Annuler et rétablir ne peuvent pas non plus modifier une ROI ou un masque verrouillé. L’étape échoue avec un message tel que ROI_1 is locked. Unlock it to change it. L’historique reste où il était.
• L’annulation ne peut pas défaire l’imagerie d’une tuile, ni une coupe déjà faite.
• Quand vous ouvrez une autre expérience, Samurai démarre un nouvel historique, vide. Studio a son propre historique.

15Exécuter une acquisition

Ce chapitre présente les commandes de la barre latérale gauche de l’onglet Imaging. Elles vous permettent de régler le microtome pour l’acquisition, puis de la démarrer, de la suivre, de l’arrêter et de la reprendre.

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1. État — Running, Stopping…, Stopped ou Completed.
2. Progress (progression) — le cycle en cours et le nombre total de cycles, le Z du plan de coupe (ΔZ), le temps écoulé et le temps restant, et le bouton Stop.
3. Dwell Ease-In (montée progressive du temps de pose) et Debris Detection (détection des débris).
4. Microtome Settings — épaisseur, vitesse de coupe, dégagement de rétraction, Imaging Addition et oscillateur.
5. Affichage de position — le couteau et l’échantillon, le Z en direct, Sweep et les boutons d’approche rapide.

Pendant un cycle, l’encadré Now / Tile / Next, sous la barre de progression, montre ce que fait Samurai et ce qui vient ensuite. Cliquez sur son chevron pour voir la liste complète des actions.

15.1 Paramètres du microtome pour l’acquisition

La section Microtome Settings (paramètres du microtome) contient les réglages de coupe des cycles de cette expérience. Ils sont indépendants des valeurs de l’onglet Approach.

Vous pouvez modifier l’épaisseur, la vitesse de coupe, le dégagement et l’oscillateur pendant une acquisition. Les nouvelles valeurs s’appliquent aux cycles restants. Si vous modifiez l’épaisseur, Samurai recalcule la hauteur Z de chaque cycle restant. Il affiche ensuite la cible de la prochaine coupe (Next outgoing cut: +… nm). Si vous utilisez Time Travel pour consulter un cycle futur, le titre affiche (Cycle N). Votre modification commence alors à ce cycle.

Sous les paramètres, l’affichage de position montre le couteau au-dessus de la fenêtre de coupe, le pion porte-échantillon et le Z en direct. Ses boutons agissent immédiatement :

• Sweep (passage à vide) fait faire au couteau un aller-retour, sans monter la platine. Utilisez-le pour débarrasser la face du bloc des débris.
• Fine, 100nm et 200nm sont des boutons d’approche rapide. Chaque clic ajoute un cycle d’approche complet à une file d’attente : montée, coupe, descente, retour. Fine utilise l’épaisseur et la vitesse de coupe de Microtome Settings. 100nm coupe 100 nm à 1 mm/s. 200nm coupe 200 nm à 2 mm/s. Le bouton indique combien de cycles sont en attente (×N). Le ✕ rouge annule ceux qui restent.

Vous ne pouvez pas utiliser ces boutons pendant une acquisition ni lorsque la platine est surélevée.

15.2 Surélévation pour l’imagerie (Imaging Addition)

Sur certains microscopes, la meilleure hauteur pour l’imagerie n’est pas la hauteur de coupe. Imaging Addition surélève l’échantillon d’une valeur définie avant l’imagerie de chaque cycle. La face du bloc se trouve ainsi dans le plan de mise au point du MEB. Avant la coupe, Samurai ramène l’échantillon au plan de coupe, c’est-à-dire à la hauteur où le couteau coupe.

Pour l’utiliser, activez Imaging Addition et réglez la valeur (1–1300 µm). Focus Position (position de mise au point), au-dessus de l’affichage de position, indique alors la hauteur d’imagerie. Si la platine doit atteindre sa limite de 1300 µm avant la fin de l’acquisition, une petite icône à côté de la valeur vous avertit. L’icône indique aussi combien de cycles restent possibles.

Raise Stage to Focus est le bouton flèche à côté de la valeur. Il monte la platine tout de suite à la position de mise au point, par exemple pour que vous puissiez faire la mise au point du microscope à la main. Le couteau se rétracte d’abord. Tant que la platine est surélevée :

• Un bandeau bleu clignotant, STAGE RAISED TO FOCUS, s’affiche en haut de la vue (viewport).
• La plupart des commandes de la barre latérale gauche sont masquées, et l’onglet Approach est verrouillé.
• Le bouton flèche devient Lower Stage to Cutting Plane.

Si une acquisition s’est arrêtée alors que la platine était surélevée, vous pouvez la reprendre telle quelle. L’acquisition poursuit l’imagerie à la hauteur surélevée, puis abaisse la platine avant la coupe suivante.

15.3 Montée progressive du temps de pose (Dwell Ease-In)

Une surface fraîchement coupée est particulièrement sensible au faisceau. Dwell Ease-In commence avec un temps de pose court, puis l’augmente pas à pas (une rampe) jusqu’au temps de pose complet de la ROI. Cycles fixe le nombre de cycles que dure la rampe (10 par défaut). Avec 10 cycles, le temps de pose passe par 10 %, 20 %, … 100 %.

Si Now ou Next est sélectionné, Samurai remet la rampe en place chaque fois que vous appuyez sur Start ou Resume. Quand la rampe est terminée, repassez sur Off, sauf si vous voulez qu’elle redémarre après chaque reprise. Ease-In n’est proposé que sur les microscopes qui utilisent un temps de pose.

15.4 Avant de commencer

• L’approche est terminée, et la platine se trouve au plan de coupe (non surélevée).
• Le microscope est connecté, la mise au point est faite et l’astigmatisme est corrigé. Son faisceau et son détecteur sont prêts.
• Les ROI, les tailles de pixel, les temps de pose et le recouvrement sont corrects. Les tuiles dont vous ne voulez pas sont désactivées.
• Les cycles sont générés, en nombre suffisant et avec une épaisseur raisonnable.
• L’autofocus, la détection des débris, l’EDS, les scripts et le gating par masque sont configurés comme vous le souhaitez. Le gating par masque (qui ignore les tuiles qu’un masque ne couvre pas) est synchronisé.
• Si vous utilisez l’aiguille de gaz PCN, son mode et sa position sont corrects (chapitre 20, « L’aiguille PCN »).
• L’espace disque libre est suffisant pour les images.

15.5 Démarrer

Cliquez sur Start. L’infobulle du bouton indique ce qu’il va faire : Start, Resume ou Continue (new cycles appended). Si le bouton est désactivé, l’infobulle indique pourquoi. Par exemple : Generate cycles first, Microtome not connected ou SEM is disconnected. Reconnect the matching SEM to continue.

Avant la première image, Samurai vérifie que l’acquisition peut commencer sans risque. Vous pouvez voir :

L’état affiche alors Starting.... L’acquisition commence au prochain cycle non terminé, quel que soit le cycle affiché par Time Travel.

15.6 Déroulement de chaque cycle

1. Monter la platine à la position de mise au point, si Imaging Addition est activé.
2. Autofocus, s’il est prévu à ce cycle (chapitre 17, « Autofocus et correction automatique de l’astigmatisme »).
3. Imager chaque tuile active : ROI par ROI dans l’ordre de la liste, et tuile par tuile. Après chaque tuile, Samurai peut y rechercher des débris (chapitre 18, « Détection des débris »). Il peut aussi ajuster la luminosité du détecteur (section 19.3) et acquérir une carte EDS programmée (chapitre 22, « Cartographies EDS avec Oxford AZtec »).
4. Réessayer une fois les tuiles qui ont échoué dans ce cycle.
5. Abaisser la platine au plan de coupe et exécuter les scripts avant coupe.
6. Ramener l’aiguille du PCN en position de parking, si un PCN est installé, puis effectuer une coupe.
7. Exécuter les scripts après coupe et démarrer le cycle suivant.

Lors du tout premier cycle, les scripts après coupe s’exécutent aussi une fois au début. Ainsi, les équipements pilotés par script sont prêts pour la première image.

15.7 Suivre l’acquisition

• Progress indique le cycle (par exemple 12 / 400) et le Z du plan de coupe de ce cycle (ΔZ). Il indique aussi le temps Elapsed (écoulé) et Rem (restant). Avant une acquisition, l’estimation du temps est marquée rough (approximative). Elle s’améliore après quelques cycles mesurés.
• Now indique ce qui est en cours, par exemple Imaging ROI_1 - B2, Cutting at 102.350 µm ou Autofocus. Tile montre l’avancement parmi les tuiles de ce cycle. Next indique ce qui vient ensuite.
• Cliquez sur le chevron pour ouvrir la liste des actions. Elle montre chaque ROI avec son nombre de tuiles (done/total), les tuiles avec leur état, et la coupe.
• Dans la vue, la tuile en cours d’imagerie clignote en vert. Une ligne le long de son bord inférieur indique l’exposition. Une ligne bleue indique que l’image est en cours de stockage (section 8.7).
• Les onglets Warnings et Errors de la console rassemblent tout ce qui mérite votre attention.

15.8 Arrêter

Il n’y a pas de bouton pause. Vous pouvez toujours reprendre après un arrêt. Vous choisissez aussi jusqu’où va l’acquisition avant de s’arrêter.

• Faites un clic gauche sur Stop pour arrêter après l’image en cours.
• Faites un clic droit sur ce bouton pour obtenir d’autres choix :

Pendant que l’acquisition s’arrête, l’état affiche par exemple Stopping after this ROI.... Vous pouvez avancer un arrêt en attente, par exemple de end of this cycle à after this image. Vous ne pouvez pas le retarder. Si vous appuyez sur Stop pendant la coupe, ou pendant les scripts qui s’exécutent juste avant ou juste après elle, cette étape se termine d’abord. Une coupe n’est jamais interrompue. Après un arrêt, l’état est Stopped. Si Imaging Addition est activé, la platine peut rester surélevée.

15.9 Ignorer et réacquérir

Dans la liste des actions, les icônes de saut permettent d’ignorer le travail en attente du cycle en cours. Vous pouvez ignorer toutes les tuiles du cycle, toutes les tuiles d’une ROI ou une seule tuile. Cliquez à nouveau sur l’icône pour annuler le saut. Si vous ignorez toutes les tuiles, l’acquisition passe à la coupe. Les sauts ne s’appliquent qu’au cycle en cours, celui où se trouve l’acquisition. Ils ne désactivent pas les tuiles.

Si une tuile du cycle en cours a une image partielle ou ratée, vous pouvez l’imager à nouveau. Faites un clic droit sur la tuile dans la vue et choisissez Re-acquire in This Cycle. Samurai l’image à nouveau après la tuile en cours, ou quand vous reprenez. Samurai refuse pour un cycle terminé, une tuile désactivée ou la tuile en cours d’imagerie. Il vous indique pourquoi.

Une tuile échoue par exemple quand aucune image n’arrive à temps, quand la connexion est perdue ou quand la platine n’arrive pas à destination. Samurai réessaie alors la tuile selon le réglage Settings › Advanced › SEM Failed Action Retries. Si la tuile échoue encore, Samurai la fait clignoter en rouge, vous prévient et continue. À la fin du cycle, il réessaie une fois de plus les tuiles en échec. Settings › Imaging › Max Sequential Failed Tiles Allowed arrête l’acquisition quand trop de tuiles échouent d’affilée. Par défaut, le premier échec l’arrête. Si Min Standard Deviation est activé, une tuile vide compte aussi comme une tuile en échec (section 16.3).

15.10 Reprendre

Après un arrêt, cliquez sur Resume. L’acquisition reprend exactement là où elle s’est arrêtée, au même cycle et à la même étape. Elle image à nouveau les tuiles inachevées.

Si Samurai a arrêté l’acquisition de lui-même, la console indique pourquoi (Imaging paused during cycle N: …). Corrigez la cause, puis cliquez sur Resume. Raisons courantes :

Si Samurai a été fermé ou s’est arrêté brutalement pendant une acquisition, l’expérience se rouvre avec l’acquisition à l’état Stopped. Une note dans la console indique la dernière tuile terminée. Vérifiez la position de la platine, ainsi que le Stage Position Warning s’il apparaît. Cliquez ensuite sur Resume.

15.11 Fin de l’acquisition

L’état affiche ✓ Completed N/N cycles. Pour continuer à couper et à imager, augmentez Total Cycles. Le bouton devient alors Continue (new cycles appended). Si Settings › Imaging › Beam Off on Complete est activé, Samurai coupe le faisceau à la fin de l’acquisition.

16Affichage des images et contrôles de qualité

L’apparence d’une image à l’écran et ce qui a été enregistré sont deux choses différentes. Ce chapitre présente les commandes d’affichage, qui ne modifient jamais vos données. Il présente aussi les contrôles que Samurai effectue sur chaque image pendant une acquisition.

16.1 Niveaux d’affichage : l’histogramme

Le panneau Histogram, en bas à gauche de la vue (viewport), règle les points noir et blanc de l’affichage. Pour l’afficher ou le masquer, cliquez sur dans la barre d’outils. Pour le réduire à une seule ligne, cliquez sur son chevron.

• Un seul réglage pour toute la vue. Les points noir et blanc s’appliquent à toutes les images acquises affichées à l’écran. Ils s’appliquent aussi à la deuxième fenêtre de vue.
• Ce qu’il mesure. L’histogramme porte sur les tuiles sélectionnées ou sur la ROI sélectionnée. Si rien n’est sélectionné, il porte sur tout ce qui est affiché à l’écran. Pour évaluer les niveaux, sélectionnez une tuile typique. Le résultat s’applique partout.
• Faites glisser les poignées pour régler à la main les points noir et blanc. Vous pouvez aussi faire glisser près d’une ligne du graphique. B et W affichent leurs valeurs (0–255).
• Auto écrête une petite part des pixels les plus sombres et les plus clairs, qui s’affichent alors en noir pur ou en blanc pur. Chaque clic gauche passe au cran suivant : Fit (la plage exacte des données), 0.0001 %, 0.001 %, 0.01 %, 0.1 %, 1 %, 2 %, 5 %, puis retour à Full (0–255). Un clic droit revient d’un cran en arrière.
• track réapplique le niveau Auto actuel chaque fois que le contenu de l’histogramme change. C’est le cas lors d’un nouveau cycle, d’une nouvelle sélection ou de l’arrivée de nouvelles tuiles. Ainsi, l’affichage reste à jour pendant une acquisition.
• L’icône de copie copie les valeurs de l’histogramme dans le presse-papiers.

Les niveaux sont enregistrés avec l’expérience.

16.2 Correction de champ plat (flat field) pour l’affichage

Les grandes tuiles sont souvent plus sombres, ou moins contrastées, vers leurs bords. Samurai peut uniformiser cela à l’écran grâce à une correction de champ plat. Elle utilise deux images de correction, appelées champs : une pour la luminosité et une pour le contraste. Les images stockées ne changent pas.

Avec l’expérience ouverte, configurez-la dans Settings › Imaging › Image correction :

1. Cliquez sur ⚙ Generate from experiment… pour ouvrir le Flat-Field Wizard (assistant de champ plat). Choisissez une ROI, une plage de cycles et une méthode pour chaque champ. Cliquez sur ⚙ Generate fields. Vérifiez l’aperçu corrigé de la tuile centrale, puis cliquez sur Apply to experiment.
2. Ou cliquez sur Load brightness / Load contrast pour utiliser des images de champ (PNG) créées ailleurs.
3. Réglez le mode sur Flatfield. Chaque champ a un Correction multiplier (multiplicateur de correction, 0–200 %). Il règle la force avec laquelle ce champ est appliqué.

Le même choix Original / Flatfield figure dans la liste Overlays de la vue (section 8.8). Chaque expérience a sa propre correction.

16.3 Contrôles automatiques pendant une acquisition

Samurai contrôle chaque image qu’il enregistre :

16.4 Tuiles de référence : luminosité et dérive

Deux types de tuile de référence vous aident à suivre les changements lents au cours d’une longue acquisition. Marquez-les avec le marqueur lune/soleil d’une ligne de tuile (section 12.5) :

• Une référence sombre (lune) est imagée à chaque cycle avec le faisceau occulté. Elle enregistre le niveau de noir du détecteur. Vous pouvez ainsi voir les variations du décalage (offset) du détecteur.
• Une référence claire (soleil) est imagée à une position fixe à chaque cycle. Samurai s’en sert pour mesurer l’ampleur de la dérive de l’image. Settings › Advanced › Image Drift Warning (1000 nm) fixe une distance. Si la dérive est plus grande, Samurai vous avertit dans la console. Il s’agit uniquement d’une mesure. Rien n’est corrigé automatiquement.

Si vous marquez un type, marquez aussi l’autre, sur une tuile différente. Samurai refuse de démarrer avec une seule des deux références. Les métadonnées de chaque image de référence indiquent son type. Pour corriger automatiquement la dérive et la luminosité, consultez le chapitre 19, « Correction de la dérive et de la luminosité ».

16.5 Métadonnées et température

Chaque image enregistrée possède un petit fichier texte (.md) dans le dossier metadata de l’expérience. Il contient tout ce que l’on sait de l’image :

• le moment de son acquisition
• les réglages du microscope (tension, courant, distance de travail, champ de vue, temps de pose)
• la position de la platine et la taille de pixel
• le cycle et la tuile
• les éventuels avertissements

L’enregistrement de la température ajoute la température de la pièce. Activez Settings › Advanced › Temperature Logging. Saisissez ensuite l’adresse de votre service d’enregistrement de température dans Temperature Source URL. Samurai enregistre alors la température dans les métadonnées de chaque image. Il écrit aussi une ligne par cycle dans temperature-log.csv, dans le dossier de l’expérience. Samurai n’enregistre jamais un relevé trop ancien. Comparer la température avec la mise au point et la dérive peut vous aider à trouver la cause de changements lents.

17Autofocus et correction automatique de l’astigmatisme

Pendant une acquisition qui dure plusieurs jours, la mise au point dérive. Des effets de charge apparaissent sur l’échantillon, la température varie et la surface du bloc bouge lentement. L’autofocus corrige la distance de travail (WD) pendant l’acquisition, et la correction automatique de l’astigmatisme (autostigmation) corrige l’astigmatisme. Ensemble, ils gardent les dernières images aussi nettes que les premières.

17.1 Choisir une méthode

Le panneau Autofocus de la barre latérale droite définit la méthode. Cette méthode s’applique à toutes les expériences sur ce PC.

Si votre microscope permet à Samurai de régler les stigmateurs, vous pouvez activer Auto Stig pour corriger aussi l’astigmatisme.

17.2 Marquer les tuiles d’autofocus

Les deux méthodes travaillent sur les tuiles que vous marquez pour l’autofocus. Pour marquer une tuile, cliquez sur la pastille AF de sa ligne, ou activez Auto Focus dans Tile Settings (section 12.5). Les tuiles marquées ont un contour cyan.

Choisissez des tuiles présentant des structures nettes et bien contrastées, comme des membranes ou des bords de résine. Évitez les tuiles constituées surtout de résine vide. Un bon choix est une petite ROI, à l’écart de votre zone d’intérêt, que vous utilisez uniquement pour l’autofocus. La dose supplémentaire du faisceau tombe alors en dehors des données qui vous intéressent (section 12.7).

17.3 Autofocus intégré du MEB (SEM Built-in)

Réglez Every N cycles dans le panneau (10 par défaut). Lors de ces cycles, avant l’imagerie, Samurai se rend sur chaque tuile d’autofocus et lance l’autofocus du microscope. À partir du cycle 5, la correction automatique de l’astigmatisme s’exécute lors des mêmes cycles. Samurai enregistre la distance de travail avant et après.

Si la routine échoue, Samurai rejette le résultat et rétablit la mise au point précédente. Il fait de même si la routine déplace la WD de plus de Max Correction (Settings › Imaging › Heuristic Autofocus, 0.002 mm). Après chaque autofocus, Samurai prend une image de référence. Vous la trouvez sous Autofocus Images dans le panneau SEM.

17.4 Autofocus heuristique

L’autofocus heuristique ne nécessite aucune image supplémentaire. Lors d’un cycle, il image avec une WD légèrement supérieure à son estimation actuelle de la meilleure WD. Lors du cycle suivant, il image avec une WD légèrement inférieure. Il compare la netteté des images. Il déplace ensuite un peu la WD vers le côté le plus net.

• Une correction est appliquée tous les 2 cycles. Si Auto Stig est activé, le schéma s’étend sur 6 cycles : distance de travail, puis stigmation X, puis stigmation Y.
• Tracking (suivi) détermine quelles tuiles sont mesurées et corrigées :

Reset Reference indique à l’autofocus heuristique que vous venez de faire la mise au point et de corriger l’astigmatisme à la main. Il prend la WD et la stigmation actuelles comme nouveau point de départ. Il efface aussi l’historique des corrections pour le cycle en cours et les cycles futurs. Les cycles passés sont conservés. Utilisez-le chaque fois que vous refaites la mise au point à la main pendant une acquisition.

17.5 Suivre son fonctionnement

Pendant une acquisition, la barre latérale gauche affiche une ligne Autofocus avec la tuile en cours de mise au point. Cette ligne comporte aussi une icône de saut : Skip remaining autofocus for this cycle (ignorer le reste de l’autofocus pour ce cycle). Les tuiles en cours de mise au point clignotent en cyan.

Pour ouvrir la fenêtre Heuristic Autofocus Metrics, cliquez sur View Metrics dans le panneau Autofocus :

Faites défiler la molette au-dessus d’un graphique pour zoomer sur ses valeurs. Faites glisser le pointeur sur le graphique pour sélectionner une plage de cycles. Export CSV enregistre les données.

17.6 Réglage fin de l’heuristique

Les paramètres de l’autofocus heuristique se trouvent dans Settings › Imaging › Heuristic Autofocus. Les valeurs par défaut conviennent à la plupart des échantillons.

17.7 Dépannage de l’autofocus

18Détection des débris

De temps à autre, une coupe laisse une particule de débris sur la face du bloc. Ce débris masque la structure qui se trouve dessous. S’il reste en place, il gâche le même endroit cycle après cycle. La fonction Debris detection (détection des débris) vérifie les tuiles d’une ROI au fur et à mesure qu’elles sont imagées. Si elle trouve des débris, elle effectue un passage à vide du couteau sur le bloc et image à nouveau la tuile.

18.1 Activer la détection

Dans la barre latérale gauche de l’onglet Imaging :

1. Activez Debris Detection.
2. Choisissez la Detection ROI (ROI de détection). C’est la ROI dont les tuiles sont vérifiées. Au départ, Samurai choisit la première ROI.

Utilisez une ROI dont la structure est nette et stable. La détection s’applique au cycle en cours et aux cycles futurs de cette ROI.

18.2 Comment une tuile est vérifiée

Juste après l’imagerie de chaque tuile de la ROI de détection, Samurai la compare à la même tuile dans un maximum de trois cycles précédents. D’abord, les images sont réduites en taille, lissées et alignées, afin que le bruit et les petits déplacements ne comptent pas. Samurai mesure ensuite la part de la tuile qui paraît nettement différente. Si cette part dépasse le Threshold (seuil), et si la tuile diffère de chacune des images précédentes auxquelles elle est comparée, Samurai considère qu’il s’agit de débris. Au premier cycle, il n’y a rien à comparer. Cette image devient la référence.

Quand Samurai trouve des débris, il procède ainsi :

1. Si Imaging Addition est activé, il abaisse la platine au plan de coupe. Si une aiguille de gaz PCN est installée, il ramène l’aiguille en position de parking.
2. Il effectue un passage à vide du couteau sur le bloc, sans monter la platine.
3. Il revient à la tuile, l’image à nouveau et refait la comparaison.

Samurai répète ces étapes jusqu’à Max Sweep Retry fois. Si la tuile est toujours différente, le réglage On Max Sweeps décide de la suite :

• Continue consigne un avertissement et poursuit.
• Stop arrête l’acquisition pour que vous puissiez examiner la situation.

La ligne Now affiche la progression, par exemple Debris check: diff=…, Sweeping debris (1/3) et Re-imaging ROI_1 - B2 after sweep.

18.3 Lire les résultats

• Chaque tuile vérifiée porte un petit indicateur avec son résultat. Il est vert quand la tuile est propre, par exemple 0.5% < 50%. Il est rouge quand des débris ont été détectés, par exemple 75.2% > 50%. Les tuiles pas encore vérifiées n’ont pas d’indicateur.
• Si Diff est coché dans la liste Overlays de la vue, la dernière image de différence est affichée par-dessus sa tuile, avec une bordure verte ou rouge. Diff est coché par défaut.
• La console enregistre chaque détection et chaque passage à vide.

18.4 Paramètres

Les paramètres de détection se trouvent dans Settings › Imaging › Debris Detection :

Les modifications s’appliquent immédiatement aux tuiles de la ROI de détection.

18.5 Réglage fin

Commencez avec les valeurs par défaut, exécutez quelques cycles et observez les indicateurs :

• Trop de fausses alertes (passages à vide sur des tuiles propres) : augmentez le Threshold.
• Débris non détectés : abaissez le Threshold, ou réduisez le Kernel Size pour repérer des particules plus petites.

Ne réglez pas le seuil si haut que rien n’est jamais détecté. La détection deviendrait alors inutile. Servez-vous des indicateurs pour trouver une valeur qui sépare les tuiles propres des tuiles sales.

19Correction de la dérive et de la luminosité

Au cours d’une longue acquisition, l’image peut se déplacer lentement, parce que la platine ou l’échantillon bouge un peu. La luminosité du détecteur peut aussi varier. Vous pouvez corriger la position à la main. Samurai peut aussi corriger automatiquement la position et la luminosité, à chaque cycle.

19.1 Corriger un décalage de position à la main : XY Offset

Si la platine du MEB s’est déplacée pendant une expérience, les images des cycles suivants ne sont plus là où vos ROI les attendent. XY Offset (décalage XY) réaligne les coordonnées de la platine du microscope sur la vue. Vous cliquez sur le même détail dans une image récente et dans une image plus ancienne. La différence devient un décalage, que Samurai ajoute ensuite à chaque déplacement de la platine.

1. Dans le panneau SEM, cliquez sur Set offset à côté de XY Offset.
2. Step 1 of 2 — dans le cycle actuel, cliquez sur un détail facile à reconnaître. Le pointeur affiche Click · P1 present.
3. Step 2 of 2 — avec Time Travel, allez à un cycle antérieur. Cliquez sur le même détail dans ce cycle (Click · P2 past).
4. Vérifiez le décalage affiché (ΔX, ΔY). Cliquez ensuite sur Apply Offset ou appuyez sur Enter.

Vous pouvez toujours faire un panoramique et zoomer pendant que vous choisissez les points. Reset points recommence depuis le début. Cancel (ou Esc) ferme sans rien modifier. Si le décalage dépasse 1 mm, Samurai vous demande de le confirmer. Un décalage aussi grand vient généralement d’un clic erroné.

Lorsqu’un décalage est actif, le panneau affiche Offset active et l’Active total (total actif). Offset history liste chaque modification. Il affiche aussi un petit graphique du décalage total au fil du temps, avec les corrections manuelles en ambre et les corrections automatiques en bleu. Reset offset remet le décalage à zéro. Dans Settings › Advanced › Experiment XY Offset, vous pouvez saisir un total absolu. Chaque expérience a son propre décalage.

19.2 Correction automatique de la dérive XY

Auto XY drift mesure le déplacement d’une tuile de référence à chaque cycle. Il corrige ensuite automatiquement la position de la platine. Ouvrez-le sous le bloc XY Offset du panneau SEM.

1. Choisissez la Tile (tuile) à mesurer : une ROI et l’une de ses tuiles. Prenez une tuile dont la structure est nette et caractéristique, et qui est imagée tôt dans chaque cycle.
2. Cochez Measure. À chaque cycle, Samurai compare maintenant cette tuile à la dernière image acceptée et consigne le déplacement. Il ne déplace encore rien. L’état indique measuring only (apply off).
3. Lorsque les mesures semblent correctes, cochez Apply corrections. L’état indique measuring + applying each cycle.

Une correction est appliquée dès qu’elle est mesurée sur la tuile de référence. Le reste du cycle est alors déjà imagé au bon endroit. Samurai rejette une mesure si trop peu de points caractéristiques correspondent. Il la rejette aussi si l’image a changé d’échelle ou de rotation. Cela indique des effets de charge ou un changement de mise au point, et non un déplacement de la platine. Une mesure rejetée n’est jamais remplacée par une supposition.

Diagnostics affiche les points caractéristiques appariés et le déplacement accepté, cycle par cycle. Les points qui concordent sont en vert. Les points écartés sont en ambre. Maintenez hold: anchor enfoncé pour basculer entre l’image et sa référence. Reset reference recommence la mesure à partir de l’image suivante. Utilisez-le après avoir modifié le décalage à la main, ou après un changement important dans l’échantillon.

Chaque correction automatique s’ajoute au décalage XY de l’expérience. Elle apparaît en bleu dans l’historique des décalages. Le journal complet est le fichier auto-xy-log.csv du dossier de l’expérience.

19.3 Luminosité automatique du détecteur (Kensho)

Avec le détecteur optionnel Kensho BSED, Samurai peut maintenir une tuile de référence à une luminosité constante. Pour cela, il ajuste le décalage (offset) du détecteur entre les tuiles. Le panneau Kensho BSED apparaît lorsque le module est activé (section 7.5).

Le détecteur. Connectez-le avec l’indicateur de l’en-tête du panneau. Brightness, Contrast (0–100 %) et Bias (0–15 V) règlent le détecteur. Pour ajuster l’un d’eux, faites glisser l’icône de sa ligne. Vous pouvez aussi survoler la ligne et tourner la molette de la souris. Maintenez Shift pour des pas fins, ou Ctrl/⌘ pour des pas larges. Insert / Retract et les commandes manuelles déplacent le détecteur.

Auto brightness (luminosité automatique) :

1. Choisissez la ROI et la Tile de référence.
2. Saisissez le Gain étalonné. C’est la variation de la moyenne de l’image pour chaque pas de décalage du détecteur, en niveaux de gris (DN par unité de décalage). Pour le mesurer, faites deux captures avec des décalages différents. Calculez ensuite (moyenne₂ − moyenne₁) ÷ (décalage₂ − décalage₁).
3. Activez Enabled. La prochaine capture de la tuile devient la référence.

Après chaque capture de cette tuile pendant une acquisition, Samurai compare sa luminosité moyenne à la référence. Il ajuste ensuite légèrement le décalage du détecteur pour compenser la différence. Il le fait en douceur, par pas limités, et jamais pendant une exposition. Chaque pas ne corrige qu’une partie de la différence (amortissement). Si la variation totale devait dépasser sa limite, la luminosité automatique se désactive d’elle-même. Reset reference fait de la capture suivante la nouvelle référence. Chaque correction est consignée dans kensho-brightness-log.csv, dans le dossier de l’expérience.

20L’aiguille PCN

Le PCN est une aiguille optionnelle qui souffle un peu de gaz sur la zone que vous imagez. Le gaz réduit les effets de charge (une accumulation d’électrons qui dégrade l’image). Trois petits moteurs déplacent l’aiguille. Samurai la positionne pour l’imagerie et, surtout, l’écarte de la trajectoire du couteau avant chaque coupe.

20.1 Activation et connexion

Un technicien de maintenance active le PCN dans Settings › Service › Enabled Modules › PCN. Vous réglez sa connexion dans Settings › PCN › Connection. Choisissez USB avec un port (ou Automatic), ou TCP pour un simulateur. Pour vous connecter au démarrage de Samurai, activez Auto-connect PCN.

L’indicateur PCN de la barre du bas montre l’état de la connexion :

• Vert : le contrôleur répond.
• Jaune (Connecting...) : Samurai est en train de se connecter.
• Rouge (PCN Disconnected) : le contrôleur ne répond pas.

Cliquez sur l’indicateur pour vous connecter. Lorsque le PCN est connecté, un clic sur l’indicateur le déconnecte, après confirmation. L’indicateur redevient vert de lui-même dès que le contrôleur répond.

20.2 Le panneau PCN

Le panneau PCN se trouve dans l’onglet Imaging. De haut en bas, il contient :

• Manual needle drive (commande manuelle de l’aiguille) — déplace l’aiguille le long de K, C et Z (section 20.5).
• Indicateur de position — indique où se trouve l’aiguille. Cliquez dessus pour l’action suivante.
• X Y Z — la position de la pointe de l’aiguille dans la vue, une fois l’aiguille étalonnée. Le pavé de déplacement situé à côté déplace l’aiguille par petits pas.
• Mode — Off, Fixed ou Tracking.
• Show needle — dessine l’aiguille sur l’image. Vous pouvez aligner le dessin sur la pointe réelle.
• Gas Discharge Footprint — la zone où arrive le gaz. Dessinez-la avec .

L’affichage X/Y/Z utilise les mêmes coordonnées que la platine du MEB et vos ROI. K et C sont tournés par rapport à la vue. Un déplacement le long de K seul, par exemple vers Retracted, modifie donc à la fois X et Y. C’est normal, il ne s’agit pas d’une dérive.

L’indicateur de position

L’indicateur montre où se trouve l’aiguille. Cliquez dessus avec le bouton gauche pour l’action la plus urgente. Cliquez dessus avec le bouton droit pour voir toutes les destinations.

20.3 Les trois modes

Mode détermine ce que fait l’aiguille pendant l’imagerie :

• Choisir un mode ne déplace jamais l’aiguille. L’aiguille se déplace lorsque vous choisissez une destination, lorsque vous appuyez sur Start, ainsi qu’avant et après chaque coupe.
• Fixed et Tracking nécessitent une expérience ouverte et un étalonnage valide (section 20.6).
• Le mode revient à Off à chaque redémarrage de Samurai, chaque fois que vous ouvrez une autre expérience, ainsi qu’après tout défaut ou tout Clear. Choisissez de nouveau Fixed ou Tracking lorsque vous en avez besoin.
• Si les dernières images de l’expérience ont été prises en Fixed ou en Tracking, mais que le PCN est maintenant sur Off, un symbole ambre apparaît à côté de Start. Il s’agit seulement d’un rappel.
• Avant chaque tuile, Samurai vérifie que l’aiguille se trouve là où le mode l’exige. En Fixed ou en Tracking, l’aiguille doit être en position Engaged. Ce n’est pas toujours le cas, par exemple lorsque l’interverrouillage du couteau (qui retire l’aiguille avant une coupe) l’a parquée en position Retracted. La tuile n’est alors pas imagée, et l’acquisition se met en pause avec un message tel que The needle is at 'free', not Engaged…. Ramenez l’aiguille en position Engaged, ou réglez le PCN sur Off.

20.4 Engaged, Retracted et la levée en Z

Engaged est la position d’imagerie. En mode Fixed, la ligne ENGAGED POSITION l’affiche. Pour la définir, amenez l’aiguille à l’endroit voulu avec la commande manuelle ou le pavé de déplacement. Cliquez ensuite sur Update the Engaged position et confirmez avec ✓. Samurai l’enregistre avec l’expérience : ses valeurs K et C, mais pas sa hauteur. En Tracking, Engaged n’est pas un emplacement enregistré. Cela signifie que l’empreinte est centrée sur le réticule du MEB.

Retracted est la position de sécurité située plus en arrière le long de K. C’est le contrôleur du PCN lui-même qui l’enregistre. Seule sa valeur K compte. Avant de la définir, tous les axes doivent être indexés. Amenez l’aiguille à cet endroit, puis utilisez Settings › PCN › Set current position as Retracted position → Apply.

Z lift per XY move (Settings › PCN) donne un dégagement à l’aiguille. Avant chaque déplacement latéral, l’aiguille monte de cette valeur. Elle se déplace ensuite, puis revient à sa hauteur de départ. Cela s’applique aux déplacements pas à pas, à Drive PCN here, au suivi (tracking) et aux déplacements entre Engaged et Retracted. La levée est le seul changement de hauteur que Samurai effectue de lui-même. Il n’existe aucune hauteur d’imagerie ou de coupe enregistrée. La valeur par défaut est 0 (pas de levée).

Return to Engaged after retract (Settings › PCN) ramène l’aiguille en position Engaged après chaque coupe. Cette option est activée par défaut. Si vous la désactivez, l’aiguille reste en position Retracted après une coupe. En Fixed ou en Tracking, l’acquisition se met alors en pause à la tuile suivante.

20.5 Déplacer l’aiguille à la main

Manual needle drive. Cliquez sur dans l’en-tête du panneau. Cette commande déplace l’aiguille le long de ses propres axes, en millimètres. Elle ne nécessite aucun étalonnage.

• Les lignes K (Knife), C (Cross) et Z affichent chacune la position et disposent de boutons − et +. Choisissez le Step (pas, 1–500 µm). Un déplacement pas à pas ne dépasse pas 1 mm. Les déplacements pas à pas en K et C utilisent la levée en Z.
• Un axe en limite passe en ambre. Si un déplacement pas à pas atteint une limite, Samurai le raccourcit et affiche un avis. Si le dernier déplacement d’un axe n’a pas abouti, cet axe passe en rouge.
• Pour enregistrer la position actuelle sous un nom, cliquez sur le + en pointillés. Pour revenir à une position enregistrée, cliquez sur son nom. Si cet emplacement est plus haut, l’aiguille change d’abord de hauteur. S’il est plus bas, l’aiguille change de hauteur en dernier.

Pavé de déplacement (jog pad). Cliquez sur à côté de l’affichage X/Y/Z pour ouvrir le pavé de déplacement. Il déplace la pointe selon les directions de l’écran (haut, bas, gauche, droite), d’un pas de 5–500 µm. Z+ et Z− changent la hauteur. Les déplacements selon l’écran nécessitent un étalonnage.

Drive PCN here. Avec Show needle activé, faites un clic droit sur l’image et choisissez Drive PCN here. Le centre de l’empreinte se déplace vers ce point.

Un déplacement latéral pas à pas laisse l’aiguille à l’état Free, et le suivi se met en pause. Un déplacement qui ne change que la hauteur conserve l’état Engaged ou Retracted. Pour arrêter une aiguille en mouvement, appuyez à tout moment sur Esc.

20.6 Étalonner l’aiguille par rapport à l’image

L’étalonnage mesure l’orientation des axes K et C de l’aiguille par rapport à l’image MEB. Il repère aussi la position de la pointe et de la tige. Vous en avez besoin pour Fixed et Tracking, le pavé de déplacement, Drive PCN here et le dessin de l’aiguille.

Ouvrez Settings › PCN › Calibration Wizard, ou cliquez sur Calibrate dans le panneau. Avant de commencer, vérifiez que :

• le MEB est connecté et inactif ;
• le MEB a sa rotation de balayage à 0° ;
• la pointe de l’aiguille et une partie de sa tige sont dans le champ.

Samurai règle un champ de vue de 1 mm pour l’étalonnage, et rétablit le vôtre ensuite. Si Samurai ne peut pas le régler sur votre microscope, réglez vous-même 900–1000 µm. Ne déplacez pas la platine du MEB une fois la première image acceptée.

1. Prepare — lisez la liste de vérification et cliquez sur Next. L’aiguille va bouger, mais seulement dans un rayon de 200 µm autour de sa position actuelle.
2. Origin & shaft — cliquez sur la pointe de l’aiguille, puis sur un point plus loin le long de la tige. Vous pouvez faire glisser l’un ou l’autre repère pour l’affiner, à l’aide des vues 4×. Next déplace l’aiguille de 200 µm le long de K et prend une image.
3. K axis — Samurai recherche la pointe. Vérifiez le repère de la pointe, ou cliquez dessus et faites-le glisser. Cliquez ensuite sur Next. L’aiguille se déplace le long de C.
4. C axis — faites de même pour le second déplacement.
5. Verify — un déplacement diagonal de 100 µm vérifie le résultat de façon indépendante. L’aiguille revient ensuite à son point de départ.
6. Result — affiche l’angle, la chiralité (normale ou miroir) et l’erreur de vérification. Apply calibration enregistre l’étalonnage. Si l’erreur dépasse la limite de 5 µm, vous pouvez tout de même cliquer sur Accept anyway. Samurai consigne ce forçage.

L’assistant n’avance jamais de lui-même. Vous appuyez sur Next à chaque étape. Cancel ramène l’aiguille à son point de départ. Lorsque les axes reçoivent une nouvelle référence (voir l’indexation des axes), vous devez généralement refaire l’étalonnage.

20.7 Afficher l’aiguille et dessiner l’empreinte

Activez Show needle pour dessiner l’aiguille sur l’image à sa position en temps réel. Si le dessin ne coïncide pas exactement avec la pointe réelle, cliquez sur l’icône d’ancre. Cliquez ensuite à l’endroit où se trouve réellement la pointe. Cela déplace le dessin, pas l’aiguille.

L’empreinte de décharge du gaz (Gas Discharge Footprint) est le cercle où arrive le gaz. Samurai l’utilise pour diriger l’aiguille (Tracking et Drive PCN here). Tant que vous ne l’avez pas dessinée, Samurai utilise un cercle par défaut de 300 µm, situé un peu en avant de la pointe. Pour dessiner l’empreinte réelle, Show needle doit être activé et l’aiguille doit être étalonnée. Ensuite :

1. Cliquez sur à côté de Gas Discharge Footprint.
2. Cliquez sur le centre de l’empreinte sur l’image.
3. Cliquez sur son bord pour définir sa taille. Samurai affiche Gas footprint saved ✓.

L’empreinte se déplace avec la pointe. Si vous la redessinez pendant le Tracking, Samurai recentre l’aiguille. Il le fait immédiatement, ou avant la tuile suivante si une image est en cours d’acquisition.

20.8 Protection du couteau

Lorsque le module PCN est activé, le couteau et l’aiguille sont interverrouillés. Cela a les effets suivants :

• Avant chaque coupe, l’aiguille est retirée le long de K jusqu’à Retracted, avec la levée en Z. Cela s’applique aux acquisitions, aux coupes manuelles, aux passages à vide et aux approches. Cela s’applique aussi chaque fois que le couteau entre dans la plage de coupe.
• Après la coupe, l’aiguille revient en position Engaged si le mode et Return to Engaged after retract le prévoient.
• Lors d’un Start/Resume avec le mode Off, l’aiguille est d’abord amenée en position Retracted. En cas d’échec, l’acquisition ne démarre pas.
• Pendant chaque exposition, Samurai surveille l’aiguille. Il peut arriver que l’aiguille bouge ou signale un défaut pendant le balayage d’une tuile. Dans ce cas, Samurai nomme la tuile dans le journal (…check this tile for a needle smear…). L’image est conservée et l’acquisition continue.
• Les déplacements d’aiguille qui ont échoué sont retentés. Le nombre de tentatives se règle dans Settings › Advanced › PCN Failed Action Retries (3 par défaut).
• Si le PCN est déconnecté, la coupe n’est autorisée que si la dernière position connue de l’aiguille est Retracted.

Disable knife protection (Settings › PCN) désactive tout cela. Ce réglage est prévu pour les sessions où l’aiguille a été physiquement retirée. Samurai vous demande de confirmer. Tant que le réglage est actif, le panneau affiche un bandeau ambre. Samurai conserve le réglage après un redémarrage. Désactivez-le de nouveau avant de remonter une aiguille.

20.9 Indexation des axes

Après la mise sous tension du contrôleur, ou lorsqu’il a perdu sa référence, l’indicateur affiche Un-indexed. L’aiguille ne bouge pas. L’indexation fait parcourir sa course à chaque axe pour trouver son point de référence.

Cliquez sur l’indicateur (Index), ou utilisez Settings › PCN › Index PCN. Confirmez avec Needle removed - start, puis patientez. Ensuite, K se place en position Retracted. Si aucune position Retracted n’est enregistrée, K se place plutôt à sa limite de course. C et Z ne changent pas.

20.10 Défauts et dépannage

En cas de problème, l’indicateur passe au rouge et le mode repasse sur Off. Plus rien ne bouge tant que le défaut n’a pas été acquitté. Vérifiez l’aiguille, puis cliquez sur l’indicateur (Clear / Accept). Samurai relit la position et vérifie que l’aiguille est immobile. Il ne déplace pas l’aiguille.

20.11 Pour les techniciens de maintenance : la fenêtre PCN Service

Le contrôleur du PCN conserve dans sa mémoire ses propres réglages moteur, sa politique de mouvement, son enregistrement de référence et ses limites. Samurai les lit lors de la connexion. Il ne les modifie jamais de lui-même. Les opérations de maintenance se font dans une fenêtre séparée. Pour l’ouvrir, déverrouillez Settings › Service, puis cliquez sur Open PCN service panel.

• Cliquez sur Open service session avant toute modification. Une session dure 30 minutes, et la fenêtre la renouvelle pour vous. Lorsque vous avez terminé, appuyez sur Close session. Fermer uniquement la fenêtre ne met pas fin à la session. La fin d’une session rétablit les valeurs par défaut sûres de la carte. Les limites logicielles (limites de course gérées par le logiciel) sont réactivées. La télémétrie (le flux de données d’état de la carte) et la vitesse reviennent à leurs valeurs réglées.
• STOP, en haut, fonctionne dès que le PCN est connecté.
• Les onglets sont Status, Tuning, Motion policy, Limits & referencing, Relays & power, Motion, Diagnostics, Bench tests et Terminal.
• Limits & referencing propose trois méthodes : Find index, Find index + limits (sets zero) et Find limits (sets zero). La méthode du milieu est la méthode normale. Chaque méthode vous demande de confirmer que l’aiguille est retirée. Après une recherche des limites, enregistrez de nouveau la Retracted position. L’onglet contient aussi User limits, Logical moves, Go to zero et Last known position. Cette dernière peut rétablir la référence sans indexation, donc sans que rien ne bouge. Elle ne le fait que si toutes les vérifications prouvent que la platine n’a pas bougé depuis l’enregistrement de la position.
• Motion enregistre la télémétrie de la carte et trace chaque déplacement dans le temps et en 3D. Il n’enregistre rien tant que vous ne l’activez pas.
• Les modifications du réglage et de la politique ne sont écrites que lorsque vous appuyez sur Store. La fenêtre vous montre d’abord les valeurs exactes. Les tests de banc n’écrivent jamais dans la mémoire de la carte.

21Masques et gating des tuiles

Une longue acquisition passe une grande partie de son temps à imager des tuiles sans intérêt. Certaines ne montrent que la résine autour du tissu. D’autres tombent en dehors de la structure que vous suivez, car cette structure se déplace à mesure que le bloc est coupé plus profondément. Les masques décrivent, en trois dimensions, où se trouvent les données qui vous intéressent. Le Tile gating (gating des tuiles) s’en sert ensuite pour ignorer les tuiles situées en dehors des masques, cycle par cycle.

Le panneau Masks contient aussi des images et volumes de référence. Il peut s’agir d’une image optique, d’un volume de tomographie X (microCT) ou de tout autre jeu de données. Vous pouvez les aligner sur votre acquisition. Utilisez-les ensuite comme guide, ou même comme masque.

Les masques et les volumes de référence sont dessinés par-dessus les images acquises, mais sous les contours des tuiles et des ROI. Une référence 2D plane est dessinée sous les images acquises, comme un fond.

21.1 Le panneau Masks

Lorsqu’une expérience est ouverte, le panneau Masks se trouve dans la colonne de droite de l’onglet Imaging. Le panneau situé en dessous, Mask Properties, affiche les paramètres de l’élément sélectionné.

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1. Import, Draw Mask et Load.
2. Le point de synchronisation en attente, de couleur ambre. Cliquez dessus pour synchroniser le gating des tuiles (Sync : appliquer la décision).
3. Une ligne : le nom, son indicateur, et un rouge lorsque le Tile gating de l’élément est activé.
4. Boutons qui apparaissent au survol : centrer la vue sur l’élément, afficher ou cacher, verrouiller, supprimer.

• Cliquez sur une ligne pour sélectionner l’élément. Cliquez de nouveau dessus pour le désélectionner. Sélectionner un masque efface toute sélection de ROI ou de tuile. Sélectionner une ROI ou une tuile efface la sélection du masque.
• Delete demande un second clic sur le ✓ rouge. La suppression efface la copie de l’élément dans le dossier de l’expérience, jamais un original stocké ailleurs. Vous ne pouvez pas annuler une suppression. Si l’élément applique le gating à des tuiles, un avertissement explique ce qu’il adviendra de celles-ci (Libérer le gating).
• Un élément verrouillé affiche toujours son cadenas ambre, et vous ne pouvez pas le supprimer (section 21.8).
• Les nouveaux masques dessinés sont nommés Mask 1, Mask 2… Les éléments importés prennent le nom du fichier.

21.2 Importer une image ou un volume de référence

Cliquez sur Import et choisissez un fichier. Samurai détermine de quel type d’élément il s’agit :

• Référence 2D plane — tout fichier PNG, JPG ou BMP, et tout TIFF d’une seule page. Samurai la place au centre de la vue, avec son plus grand côté mesurant 1 mm. Déplacez-la et mettez-la à l’échelle pour l’ajuster (voir ci-dessous). Samurai fait une copie de chaque TIFF, et de toute image de plus de 8192 pixels sur un côté. La copie mesure au plus 8192 pixels sur son plus grand côté, ce qui permet de l’afficher rapidement.
• Volume de référence — un TIFF de deux pages ou plus. Chaque page correspond à une profondeur. La première page est placée à la profondeur du cycle affiché, et la pile se prolonge plus en profondeur. Samurai lit la taille de voxel du volume (la taille d’un pixel en X, Y et Z) dans le TIFF, par exemple depuis un étalonnage ImageJ/FIJI. Si le TIFF n’en contient pas, Samurai estime une taille qui fait occuper à la pile environ les trois quarts de la vue.

Samurai copie le fichier dans le dossier overlays de l’expérience. L’expérience reste ainsi complète si le fichier d’origine est déplacé. Les volumes de plus de 1,5 Go environ ne sont pas conservés en mémoire. Samurai les lit sur le disque au fur et à mesure des besoins.

Load () rouvre les fichiers de superposition (overlay) enregistrés par des versions antérieures de Samurai. Les masques dessinés ne sont pas des fichiers. Ils sont conservés dans l’expérience elle-même.

Lorsque vous ouvrez une expérience, Samurai restaure ses masques et ses références (Restoring overlays…). Une ligne affiche une icône de chargement jusqu’à ce que son élément soit prêt.

21.3 Dessiner un masque

Un masque dessiné est constitué d’images clés. Une image clé est un contour que vous tracez à un cycle donné. Entre deux images clés, la forme passe progressivement de l’une à l’autre.

1. Utilisez Time Travel pour afficher le cycle sur lequel vous voulez dessiner. La forme est placée au cycle affiché au moment où vous commencez à dessiner.
2. Cliquez sur Draw Mask. Un nouveau masque apparaît (no shape yet). Le crayon de la barre d’outils de la vue devient ambre pour indiquer qu’il est prêt à dessiner.
3. Cliquez dans la vue pour placer les sommets de la forme. Une ligne rose en pointillés suit vos clics. Backspace supprime le dernier point. Vous pouvez toujours déplacer la vue et zoomer.
4. Pour fermer la forme, cliquez près de son premier point, ou appuyez sur Enter. Lorsque le pointeur est près du premier point, ce point devient vert (Click to close). Une forme nécessite au moins trois points.

La première forme fait du masque un véritable masque (Created mask: Mask 1…). Le crayon dessine une forme à la fois. Pour ajouter une autre forme, cliquez de nouveau sur dans la barre d’outils. Le crayon apparaît dès qu’un masque dessiné visible et non verrouillé est sélectionné. Une forme dessinée à un cycle qui possède déjà une image clé est ajoutée à celle-ci. Deux formes peuvent ainsi constituer un masque en deux parties, ou un anneau.

Esc annule la forme en cours de dessin. Si vous aviez placé des points, Samurai vous le signale, par exemple Unfinished shape discarded (3 points). Changer d’outil, sélectionner un autre élément, cacher ou verrouiller le masque abandonne aussi une forme inachevée. Vous pouvez dessiner avant qu’aucun cycle n’existe. La première image clé appartient alors au cycle 1.

Pendant le tracé, le bandeau sous la vue affiche le nombre de points et les touches : Enter terminer, Backspace annuler le point, Esc annuler.

Images clés et extrapolation de forme

Dessinez une image clé partout où la structure change de façon visible. Quelques images clés bien placées suffisent généralement. Shape extrapolation (extrapolation de forme), dans Mask Properties, détermine la forme du masque aux cycles situés en dehors de l’intervalle de vos images clés. Vous la réglez séparément pour deux directions. Forward désigne les cycles après la dernière image clé, et Backward les cycles avant la première :

La liste Keyframes, dans Mask Properties, comporte une ligne par image clé (Cycle 15, Cycle 40…). La ligne du cycle affiché est teintée d’ambre. Cliquez sur une ligne pour sélectionner l’image clé. Son contour devient bleu. Survolez une ligne pour faire apparaître deux boutons. Jump to cycle affiche ce cycle et cadre la forme. Delete this keyframe supprime l’image clé. Vous ne pouvez pas supprimer la dernière image clé. Supprimez plutôt le masque.

La vue ne dessine que les images clés du cycle affiché. Celle qui est sélectionnée est bleue, avec ses points de sommet. Les autres sont roses.

Modifier une forme. Sélectionnez l’image clé et affichez son cycle. Avec l’outil Select, faites glisser l’un de ses points de sommet. Pour remettre le sommet à sa place, appuyez sur Esc pendant le glissement. Samurai enregistre la modification lorsque vous relâchez la souris.

21.4 Le panneau Mask Properties

Le contenu du panneau dépend de l’élément :

Les champs numériques fonctionnent partout de la même manière :

• Faites glisser latéralement l’icône du champ ou la lettre de l’axe (X, Y, Z) pour modifier la valeur. Maintenez Shift pour des pas dix fois plus fins.
• Cliquez sur le nombre pour saisir une valeur. Appuyez sur Enter ou cliquez ailleurs pour l’appliquer. Esc annule.
• Cliquez sur la pastille d’unité, à droite d’une ligne (par exemple µm / mm), pour changer d’unité.
• Survolez le libellé d’une ligne pour faire apparaître Reset. Cliquez dessus, puis confirmez avec ✓. Pour un volume de référence, Reset rétablit la valeur qu’il avait lors de l’importation. Pour un masque dessiné, il rétablit le placement auquel le masque a été dessiné.
• , à côté de Voxel size (et de Scale), conserve les proportions. Mettre un axe à l’échelle les met alors tous à l’échelle. Cliquez dessus pour mettre chaque axe à l’échelle séparément.
• Opacity et Bin × s’appliquent lorsque vous relâchez la souris. Voxel size, Position, Rotation, 3D Cursor et Scale suivent votre glissement en temps réel.

21.5 Déplacer, faire pivoter et mettre à l’échelle

Vous placez les masques et les volumes de référence au clavier, comme dans un logiciel 3D, ou par glissement. L’élément doit être sélectionné, visible et non verrouillé.

Pendant une transformation (un déplacement, une rotation ou une mise à l’échelle), le pointeur de la souris est caché. Des lignes de guidage colorées indiquent l’axe limité : X en rouge, Y en vert, Z en bleu. Les champs de Mask Properties suivent le mouvement. Si Samurai perd le focus (une autre fenêtre devient active), la transformation est annulée.

Le curseur 3D est la cible orange autour de laquelle s’effectuent Rotate et Scale. Pour le placer, maintenez Shift et faites glisser avec le bouton droit de la souris. Pour le maintenir sur une ligne, appuyez sur X ou Y pendant le glissement. Placez-le sur un détail qui vous intéresse, afin que la rotation et la mise à l’échelle se fassent autour de ce détail. Placer le curseur ne déplace jamais l’élément.

À la souris. Avec l’outil Select, cliquez sur un élément pour le sélectionner. Faites-le ensuite glisser pour le déplacer en X et en Y. Une référence 2D sélectionnée possède deux poignées d’angle. Faites-en glisser une pour redimensionner l’image, pendant que l’angle opposé reste fixe. L’outil Hand sert uniquement à déplacer la vue.

Le bandeau sous la vue vous rappelle les touches lorsqu’un masque est sélectionné : G move · R rotate · S scale · Shift + right-drag cursor · X/Y/Z axis · Enter confirm · Esc cancel.

Faites un clic droit sur un masque pour accéder à Highlight in Outliner, Drive SEM Stage Here, Drive PCN here, Zoom 1:1 et Selection Scope.

21.6 Aligner un volume de référence

Register aligne un volume de référence sur vos images acquises. Il utilise des paires de points correspondants. Pour chaque paire, vous cliquez sur le même détail une fois dans l’image MEB et une fois dans le volume.

1. Sélectionnez le volume de référence. Affichez un cycle où vous reconnaissez des détails dans les deux.
2. Dans la section Register, cliquez sur +.
3. Cliquez sur le détail dans l’image acquise. L’invite à côté du pointeur indique alors Now click the matching point on the overlay (cliquez maintenant sur le point correspondant de la superposition).
4. Cliquez sur le même détail dans le volume. La paire apparaît sous le nom P1. Samurai est maintenant prêt pour la paire suivante. Recommencez pour ajouter d’autres paires.
5. Pour arrêter la sélection des points, cliquez sur ✗ ou appuyez sur Esc. Pour appliquer l’alignement, cliquez sur ✓.

Avec une paire, le volume est seulement déplacé. Avec deux paires ou plus, Samurai calcule aussi sa rotation et son échelle, par un meilleur ajustement sur l’ensemble des paires. À partir de deux paires, Deformations définit comment l’échelle peut varier :

• Uniform scale : le choix le plus sûr, et celui par défaut.
• XY/Z aspect : une échelle dans le plan, une autre en profondeur.
• XYZ aspect : chaque axe séparément. Utilisez-le uniquement avec de nombreuses paires bien réparties.

Répartissez les paires sur tout le volume, et à différentes profondeurs si possible.

Pendant que vous sélectionnez des points, le reste de Samurai ne réagit pas à la souris. Vous pouvez toujours zoomer et déplacer la vue. Le pointeur prend partout la forme d’une croix.

Après ✓, la section affiche Aligned · RMS avec l’erreur d’ajustement. Les paires sont conservées pour mémoire, et vous ne pouvez plus les modifier. ↺ Reset oublie les paires pour que vous puissiez refaire le recalage. Le volume reste là où l’alignement l’a placé. Pour annuler l’alignement lui-même, utilisez les icônes Reset des lignes Position, Rotation et Voxel size.

21.7 Gating des tuiles

Le Tile gating transforme un masque en une liste de tuiles à ignorer. La règle est la suivante : un masque indique où imager. À chaque cycle, Samurai compare chaque tuile des ROI du masque à la forme du masque à la profondeur de ce cycle :

• Si le masque couvre la tuile, la tuile est imagée.
• Si le masque ne couvre pas la tuile, la tuile est ignorée.

Pour un volume de référence, « couverte » signifie que la tuile contient des pixels suffisamment lumineux :

Plusieurs masques peuvent appliquer le gating en même temps. Une tuile n’est alors imagée que si elle est couverte par chacun des masques de gating dont la portée inclut sa ROI.

Activer et vérifier

1. Sélectionnez le masque et activez Tile gating dans Mask Properties.
2. Choisissez la ROI scope (portée en ROI) : All ROIs ou des ROI particulières. All ROIs est la valeur par défaut, et elle inclut aussi les ROI que vous ajouterez plus tard. Ce masque ne touche jamais aux tuiles des autres ROI.
3. Regardez la vue. Les tuiles qui seraient ignorées reçoivent une bordure rouge en pointillés. Lorsqu’un masque de gating est visible, les tuiles ignorées sont aussi ombrées en rouge, et les tuiles imagées en vert. Utilisez Time Travel pour vérifier quelques cycles. La vue montre la décision pour le cycle affiché.

Activer Tile gating ne change encore rien. Il s’agit seulement d’un aperçu. L’acquisition ne change que lorsque vous appuyez sur Sync. L’ombrage rouge et vert est commandé par Tile Gating dans le menu Overlays de la vue. L’ombrage n’apparaît que lorsque les tuiles sont affichées.

Sync : appliquer la décision

Appuyez sur l’icône Sync à côté de l’interrupteur Tile gating, ou sur le point ambre de l’en-tête du panneau Masks. L’icône est ambre lorsque les tuiles ne correspondent plus aux masques. Samurai fait alors trois choses :

1. Il bloque la fenêtre et affiche Syncing tile gating avec un compteur Z plane n / N. Il calcule la décision pour chaque cycle, ce qui peut prendre plusieurs minutes sur les longues expériences. annule la synchronisation, et rien n’est alors modifié.
2. Il règle chaque tuile des ROI soumises au gating pour le cycle en cours et chaque cycle suivant. Les tuiles ignorées sont désactivées, et les tuiles couvertes sont activées. Les cycles antérieurs ne sont jamais modifiés.
3. Il verrouille les masques qui ont participé, afin que leur décision ne puisse pas changer par accident.

Une tuile ignorée est une tuile désactivée. C’est la même chose que de cliquer sur Disable tile dans le panneau ROI. Les acquisitions et Capture ROI l’ignorent. Sync règle chaque tuile à l’intérieur des ROI soumises au gating. Il remplace donc l’état des tuiles que vous y aviez activées ou désactivées à la main. Les tuiles des autres ROI ne sont jamais touchées.

L’icône Sync redevient ambre chaque fois que la décision a pu changer. C’est le cas lorsque vous :

• déplacez, faites pivoter ou mettez à l’échelle un masque de gating ;
• modifiez ses formes ;
• changez ses paramètres de seuil ou sa portée en ROI (une nouvelle ROI sous All ROIs compte aussi) ;
• activez ou désactivez le gating d’un masque ;
• supprimez un masque de gating ;
• ajoutez des cycles.

Afficher, cacher ou verrouiller un masque, ou changer son opacité, ne compte pas. Rien n’est appliqué automatiquement. Appuyez sur Sync lorsque vous êtes prêt.

Pour modifier un masque synchronisé, déverrouillez-le d’abord avec son cadenas ou avec la pastille Locked dans Mask Properties. Effectuez la modification, puis synchronisez de nouveau.

Libérer le gating

Pour imager de nouveau toutes les tuiles :

1. Déverrouillez le masque et désactivez son Tile gating. L’icône Sync propose alors de libérer les tuiles. Elle indique aussi combien de tuiles sont encore désactivées.
2. Appuyez sur Sync. Chaque tuile désactivée dans les ROI de la dernière synchronisation est réactivée, à partir du cycle en cours. Cela concerne toutes ces tuiles, y compris celles que vous aviez désactivées à la main.

Supprimer un masque qui applique le gating à des tuiles effectue la même libération lors de la suppression. Les autres masques de gating nécessitent alors une nouvelle synchronisation. Supprimer un masque qui n’a jamais appliqué de gating laisse les tuiles intactes.

21.8 Verrouiller, cacher et limiter la portée

Verrouillez un masque avec le cadenas de sa ligne, ou avec la pastille Unlocked / Locked dans Mask Properties. Vous ne pouvez pas déplacer, remodeler, recaler ni supprimer un masque verrouillé, ni modifier ses paramètres. Son panneau Mask Properties est grisé. Vous pouvez toujours l’afficher et le cacher. Chaque Sync verrouille les masques qui y ont participé. Déverrouillez un masque pour le modifier.

Cachez un masque avec pour voir les images en dessous. Vous ne pouvez pas sélectionner un masque caché dans la vue, ni le déplacer, le faire pivoter ou le mettre à l’échelle. Mais il continue d’appliquer le gating.

Selection Scope (') limite les clics dans la vue à un seul élément. Limitez la portée à un masque pour travailler dessus sans toucher aux ROI. Ou limitez-la à une ROI pour atteindre les tuiles situées sous un masque (section 8.5).

Annuler. Vous pouvez annuler les modifications de masque avec Ctrl/⌘+Z. Cela concerne les formes, les images clés, les déplacements, les paramètres et l’alignement. Vous ne pouvez pas annuler un Sync, la création ou l’importation d’un élément, ni sa suppression. L’annulation ne modifie pas un masque verrouillé : déverrouillez-le donc d’abord.

22Cartographies EDS avec Oxford AZtec

Avec un détecteur EDS Oxford Instruments et AZtec (le logiciel EDS d’Oxford), Samurai peut acquérir des cartographies élémentaires de tuiles choisies. Une cartographie élémentaire montre où se trouve chaque élément chimique. Samurai acquiert une cartographie quand vous le demandez, ou automatiquement tous les quelques cycles pendant une acquisition. La composition est ainsi enregistrée à côté des images électroniques, au fur et à mesure que le bloc est coupé.

22.1 Avant de commencer

• Un technicien de maintenance doit activer le module EDS (Oxford AZtec) dans Settings › Service › Enabled Modules. Le panneau EDS (AZtec) apparaît alors dans l’onglet Imaging.
• L’ordinateur de Samurai a besoin du NanoAnalysis Plugin SDK d’Oxford Instruments. Ce kit logiciel permet à Samurai de communiquer avec AZtec. Sans lui, la connexion échoue avec le message OINA SDK not found… Install Oxford Instruments NanoAnalysis Plugin SDK on this machine.
• AZtec doit être en cours d’exécution, avec un projet ouvert. Réglez dans AZtec les paramètres de cartographie souhaités (gamme d’énergie, temps de pose, résolution…). Samurai ne fait que démarrer et arrêter les acquisitions. Les paramètres et les données appartiennent à AZtec.

Samurai ne prend jamais le contrôle d’AZtec. Vous pouvez toujours utiliser la fenêtre d’AZtec pendant que Samurai est connecté.

22.2 Connexion

Le panneau EDS (AZtec) comprend :

• Acquire EDS map à la position actuelle.
• Edit EDS schedule.
• AZtec endpoint, l’adresse d’AZtec (uniquement en mode déconnecté).
• L’indicateur de connexion.
• Une carte pour chaque planification. Elle montre la tuile et la fréquence de sa cartographie, avec aperçu, activer/désactiver et supprimer.

1. En mode déconnecté, cliquez sur . Saisissez l’IP address (adresse IP) et le Port d’AZtec. Les valeurs par défaut, 127.0.0.1 et 22201, correspondent à AZtec sur le même ordinateur. Cliquez sur Save.
2. Cliquez sur l’indicateur rouge Disconnected. Il affiche Connecting... en jaune, puis Connected en vert. Si la connexion échoue, un message en indique la raison.

Pour vous déconnecter, cliquez sur l’indicateur vert et confirmez. Samurai ne se connecte pas de lui-même à AZtec au démarrage.

22.3 Acquérir une cartographie manuellement

1. Amenez la platine du MEB à l’endroit que vous voulez cartographier. Vous pouvez aussi sélectionner la tuile dans la vue. AZtec nomme alors la cartographie avec le nom de la tuile.
2. Cliquez sur dans l’en-tête du panneau.

Samurai acquiert la cartographie là où se trouve la platine. Il ne déplace pas la platine. Si Imaging Addition est activé, Samurai monte d’abord la platine à la position d’imagerie. Il la redescend quand AZtec signale que la cartographie est terminée. Pendant l’acquisition de la cartographie, le bouton se transforme en icône de chargement accompagnée de Cancel EDS acquisition.

Dans AZtec, la cartographie porte le nom de la tuile sélectionnée, par exemple 12-ROI_1-A1. Si aucune tuile n’est sélectionnée, AZtec numérote la cartographie. AZtec peut ajouter un numéro pour que les noms restent uniques.

22.4 Planifier des cartographies pendant une acquisition

Une planification demande une cartographie d’une tuile tous les N cycles.

1. Avec une expérience ouverte, cliquez sur Edit EDS schedule.
2. Cliquez sur + (Add schedule). La nouvelle ligne reprend la tuile et l’intervalle de la ligne précédente. La première ligne commence avec la première tuile de la première ROI, tous les 10 cycles.
3. Choisissez la ROI et la Tile, et réglez Every N cycles. Pour suspendre une planification sans la supprimer, décochez Enabled. Last run indique le cycle de la dernière cartographie.
4. Cliquez sur Close. Samurai enregistre vos modifications immédiatement.

Chaque planification apparaît aussi sous forme de carte dans le panneau :

• l’active ou la désactive.
• la supprime immédiatement, sans vous demander de confirmation.
• Acquire EDS preview amène la platine sur cette tuile, règle son champ de vue et acquiert aussitôt une cartographie. Dans AZtec, la cartographie s’appelle preview_<tile>_<n>.

Vous pouvez utiliser les cartes pendant une acquisition. Les modifications s’appliquent à partir de la tuile suivante.

Pendant une acquisition, Samurai consulte ses planifications après l’imagerie de chaque tuile. Cela se fait après la vérification des débris et la correction de luminosité. Une cartographie est due si la tuile n’a jamais été cartographiée. Elle est aussi due si au moins N cycles se sont écoulés depuis sa dernière cartographie. Quand une cartographie est due :

• La tuile affiche l’état EDS dans la vue, sous forme de pulsation bleue. Sa carte pulse aussi.
• Samurai lance la cartographie dans AZtec avec le nom de site <tile>_c<cycle>, par exemple 12-ROI_1-A1_c12.
• L’acquisition reprend quand AZtec signale que la cartographie est terminée. Si cela prend plus de 120 secondes, Samurai arrête la cartographie et passe à la suite.

La platine se trouve déjà sur la tuile et à la hauteur d’imagerie, donc rien d’autre ne bouge.

Si AZtec n’est pas connecté lorsqu’une cartographie est due, Samurai s’arrête et vous demande quoi faire :

• Connect now : se connecter et continuer.
• Skip this one (ignorer celle-ci).
• Abort cycle : arrêter l’acquisition.

Si vous ne répondez pas, Samurai ignore la cartographie au bout de cinq minutes.

Les boutons EDS sont indisponibles lorsque Samurai est occupé avec le MEB ou la platine. C’est le cas pendant l’acquisition d’un aperçu, la capture de tuiles, l’exécution d’un cycle, un passage à vide du couteau, une approche rapide ou un déplacement de la platine. Survolez un bouton pour en connaître la raison.

22.5 Où vont les données

Les cartographies appartiennent à AZtec et sont enregistrées dans son projet. Samurai ne conserve que les planifications, dans l’expérience, et les noms de site. Les noms de site relient chaque cartographie à sa tuile et à son cycle.

23Automatisation par scripts

La fonction Scripting permet à Samurai d’effectuer des tâches supplémentaires à des moments précis de chaque cycle. Samurai peut cliquer sur un bouton dans le logiciel propre du microscope, exécuter un programme Python, envoyer une commande à un autre instrument ou attendre un signal. Une séquence de script est une liste d’actions, accompagnée d’un déclencheur qui indique quand la liste s’exécute.

Utilisations typiques :

• Changer de détecteur ou enregistrer une image dans un logiciel de microscope que Samurai ne peut pas piloter directement.
• Démarrer une caméra externe ou un enregistreur de données (un appareil qui enregistre des mesures) avant ou après chaque coupe.
• Exécuter une vérification (un script Python) et arrêter l’acquisition si elle échoue.
• Immobiliser le couteau à une position donnée pendant qu’un autre appareil fait son travail.

23.1 Le panneau Scripting

Le panneau Scripting se trouve dans la colonne de droite de l’onglet Imaging. Les séquences appartiennent à l’instrument, et non à une expérience. Toutes les expériences voient donc la même liste. Lorsque vous créez ou ouvrez une expérience, Samurai désactive toutes les séquences activées. Ainsi, une automatisation configurée pour une expérience ne s’exécute pas dans la suivante. Avant de démarrer, activez les séquences dont vous avez besoin.

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1. Load script from file, + Add script sequence et Duplicate from existing script.
2. Une séquence, avec son nom et l’indicateur de son déclencheur : Before Cut, After Cut, Knife Threshold, Tile Arrival, ROI Arrival, Acquisition Complete ou Manual.
3. Execute now, activer ou désactiver, supprimer.
4. La liste déployée des actions.

• Pour modifier une séquence, cliquez dessus. Pour afficher la liste de ses actions, cliquez sur son chevron.
• Une séquence désactivée est grisée et ne s’exécute jamais.
• supprime immédiatement, sans vous demander de confirmation.
• Pendant l’exécution d’une séquence, sa carte a une bordure verte pulsante, et l’action en cours pulse. Une séquence en échec clignote en rouge, et un message en indique la raison.
• Pendant une acquisition, les boutons de l’en-tête sont indisponibles. Les boutons des cartes fonctionnent toujours.

Quand vous enregistrez une séquence, Samurai l’écrit aussi sous forme de fichier .json dans le dossier des scripts. Sous Windows, ce dossier est %LOCALAPPDATA%\Samurai3\scripts. Load script from file relit un tel fichier, par exemple sur un autre instrument.

23.2 Créer une séquence

Cliquez sur +. L’éditeur s’ouvre :

Cliquez sur Save.

Duplicate from existing script est le chevron à côté de +. Il copie une séquence sous le nom Duplicate of …. La copie est désactivée et prête à être adaptée.

23.3 Déclencheurs

En dehors d’une acquisition (par exemple avant et après une approche), une séquence ne s’exécute que si son Runs vaut Outside acquisition ou Always. Pendant une acquisition, les séquences réglées sur Outside acquisition sont ignorées. Les séquences qui ont le même déclencheur s’exécutent dans l’ordre où vous les avez créées.

23.4 Actions

Réponse attendue et échecs. Pour les actions Script, Serial et TCP, Expected return est la réponse que vous attendez. Laissez le champ vide pour ne rien vérifier. Écrivez any pour accepter n’importe quelle réponse, du moment qu’il y en a une. Pour rechercher un texte précis, saisissez ce texte. Si la réponse est incorrecte ou n’arrive pas à temps, On timeout/mismatch décide de la suite :

• Stop : la séquence échoue.
• Continue : Samurai consigne l’échec et poursuit.
• Retry : Samurai réessaie, jusqu’au nombre de fois que vous avez défini.

Test. Les actions Script, Serial et TCP ont un bouton Test. Il exécute l’action immédiatement et affiche un Test Log (journal de test). Ce journal montre la réponse, et indique si une acquisition continuerait ou s’arrêterait.

Les scripts doivent être des fichiers Python (.py). Un script s’exécute dans le dossier qui le contient, et ce qu’il affiche constitue la réponse. La sortie est écrite dans le journal de Samurai, et non dans le panneau Console.

23.5 En cas d’échec d’une séquence

• Si une action d’une séquence Before Cut ou After Cut échoue avec Stop, l’acquisition se met en pause. Une séquence Before Cut en échec arrête l’acquisition avant que le couteau ne coupe. Corrigez la cause, puis reprenez l’acquisition.
• Avec Continue, Samurai consigne l’échec et affiche un message. L’acquisition se poursuit.
• Pour les autres déclencheurs, un échec met fin à la séquence avant son terme. L’acquisition continue.

24Travailler avec des agents IA

Un agent IA peut surveiller Samurai et, dans les limites que vous fixez, le piloter. Un agent IA est un assistant de programmation comme Claude Code, Cursor ou Codex. Il peut fonctionner sur cet ordinateur ou sur un autre. Samurai met à la disposition de l’agent un ensemble d’outils via MCP (le Model Context Protocol, une méthode standard qui permet aux agents IA d’utiliser des outils). Une utilisation typique est un agent de surveillance. Il vérifie une longue acquisition toutes les quelques minutes et examine les dernières images. Si quelque chose tourne mal, il arrête l’acquisition ou vous prévient.

Aucun modèle d’IA ne fonctionne dans Samurai. L’agent est un programme séparé, que vous installez et payez vous-même. Samurai ne fait que répondre à ses requêtes.

24.1 Connecter un agent

Le bouton Connect an AI agent se trouve dans la barre du bas, sur tous les onglets.

1. Cliquez sur Connect an AI agent.
2. Cochez Enable MCP server. Le Port est 8765, sauf si vous le modifiez. La pastille de la barre du bas affiche alors MCP avec un point vert.
3. Choisissez votre programme dans Client. Le panneau affiche les lignes exactes pour le configurer. Pour Claude Code, par exemple, il affiche une commande claude mcp add …. Cliquez sur le bouton de copie à côté d’une ligne, puis collez-la à l’endroit indiqué par le panneau.
4. Démarrez votre agent et demandez-lui de se connecter à Samurai.

Le serveur n’accepte que les connexions venant de cet ordinateur. À chaque démarrage, Samurai crée un nouveau jeton d’appairage. C’est un code secret contenu dans l’adresse que vous copiez. Après un redémarrage, recopiez la nouvelle ligne dans votre agent. Un agent situé sur un autre ordinateur se connecte par un tunnel SSH (une liaison sécurisée entre deux ordinateurs). Keep watching fournit la commande.

Agent activity liste ce que les agents ont fait, du plus récent au plus ancien. La console enregistre aussi chaque requête d’agent et chaque décision.

24.2 Autorisations

Dans le panneau, les réglages Agent permissions déterminent ce qu’un agent peut faire. Il y a deux lignes.

Imaging & Approach : un seul mode couvre les deux onglets.

Studio : Ask every time (par défaut) ou Always allow. Avec Ask every time, chaque modification d’un projet Studio vous est d’abord demandée. La lecture d’un projet ne demande jamais d’autorisation.

Certaines choses ne sont jamais accessibles à un agent, quel que soit le mode. Ce sont les mises à jour du micrologiciel, la protection du couteau, les modes de simulation (dummy) et de maintenance (service), et les acquittements forcés. S’y ajoutent la suppression d’expériences, les commandes série brutes et les scripts, les limites de la platine, la fenêtre de coupe, et les clics dans l’interface utilisateur.

La demande d’approbation

Lorsqu’un agent demande quelque chose qui nécessite votre approbation, une boîte de dialogue apparaît, quel que soit l’onglet. Son titre est Agent requests an Imaging hardware action (ou …change). Elle indique l’outil utilisé par l’agent, ce qu’il veut faire et pourquoi. Les actions matérielles sont affichées en ambre.

• Allow once exécute cette seule requête.
• Deny la refuse. La même requête est ensuite refusée pour le reste de la session. Fermer la boîte de dialogue la refuse aussi.
• Si vous ne répondez pas dans les 120 secondes, la requête n’est pas exécutée.

Pour Studio, la boîte de dialogue propose aussi Always allow. Ce choix fait passer la ligne Studio sur Always allow.

24.3 Ce qu’un agent peut faire

Certaines étapes doivent rester les vôtres : connecter les équipements, créer l’expérience que vous allez vraiment lancer, dessiner les ROI et générer les cycles. Si un agent remarque quelque chose dans ces étapes, il le signale plutôt dans la console.

24.4 Faire surveiller une acquisition par un agent

Une fenêtre de discussion ne fait pas travailler un agent pendant des jours. Pour surveiller une longue acquisition de façon fiable, utilisez une vérification planifiée. Toutes les quelques minutes, le planificateur de votre ordinateur lance l’agent pour un court passage. Chaque passage lit le monitoring brief (bilan de surveillance) de Samurai, qui indique à l’agent ce qu’il doit vérifier. L’agent rattrape les événements et les images, écrit ses notes et signale tout ce qui est inquiétant. Puis il se termine.

Ouvrez Keep watching dans le panneau. Vous y trouvez des lignes toutes prêtes pour votre client :

• One pass, headless : une seule vérification, lancée sans fenêtre de discussion.
• Every 5 min (scheduler) : une ligne pour le Planificateur de tâches Windows, ou pour cron sous macOS et Linux.
• From another machine (SSH tunnel first) : pour un agent situé sur un autre ordinateur.

Pendant une acquisition, la pastille indique si un agent surveille toujours :

• Après 3 minutes sans appel de l’agent, elle affiche agent quiet N min en ambre.
• Après 10 minutes, elle affiche agent silent N min en rouge, avec le message The AI agent has stopped watching the run (l’agent IA a cessé de surveiller l’acquisition).

Samurai ne peut pas redémarrer un agent lui-même. Vérifiez le planificateur de l’agent.

25Samurai Studio

Samurai Studio est l’endroit où vous travaillez sur vos images, pendant ou après leur acquisition. Vous pouvez les aligner et assembler les tuiles en une seule image. Vous pouvez les nettoyer et les améliorer, et segmenter des structures (délimiter des éléments comme des cellules). Vous pouvez aussi les mesurer, les voir en 3D et les exporter. Studio fonctionne dans Samurai, dans son propre onglet. Il ne modifie jamais les données acquises. Tout ce que vous faites est conservé dans un projet Studio.

25.1 Activer Studio

Studio est un module optionnel. Pour l’activer :

1. Cliquez sur la roue dentée dans la barre du bas. Ouvrez Service et activez Service Mode. Il vous faut un mot de passe pour cela.
2. Ouvrez Enabled Modules et activez Studio.

Un bouton Studio () apparaît dans le sélecteur d’onglets, en haut de la fenêtre. Si vous désactivez le module pendant que Studio est ouvert, Samurai vous ramène à l’onglet Approach.

25.2 L’espace de travail

• Pour redimensionner une barre latérale, faites glisser son bord (240–420 px). Pour la replier, cliquez sur le chevron dans son coin inférieur. Dans une fenêtre étroite, les barres latérales se replient d’elles-mêmes.
• Lorsque rien n’est sélectionné, le Workbench affiche Select an image to see details. Pour voir les outils d’une image, sélectionnez l’image dans l’Explorer ou dans la vue.
• En mode 3D, la barre latérale gauche est masquée et le Workbench affiche les commandes de la vue 3D (chapitre 31, « Vues 3D et exportation »).

Pastille d’état. Un libellé arrondi, en haut de la vue, indique ce que fait Studio :

Barre du bas. Les tâches longues affichent leur progression à gauche de la barre du bas, par exemple Importing — packaging… 3/12. Search (Ctrl+K) ouvre Spotlight, qui trouve n’importe quel élément de Studio pendant que vous tapez (chapitre 32, « Spotlight et agents dans Studio »).

25.3 Projets

Un projet Studio est un dossier. Il contient un fichier de base de données, project.sqlite, et les images écrites par Studio. Vous ne pouvez rien importer tant qu’aucun projet n’est ouvert.

Créer un projet

1. Dans le panneau Project, cliquez sur + (New Studio project).
2. Saisissez un Project Name. Cliquez sur (Select project folder) et choisissez où créer le projet. Studio le crée sous la forme d’un sous-dossier qui porte le nom du projet.
3. Cliquez sur ✓ (Create project).

Si le dossier contient déjà un projet, Studio le refuse. Ouvrez plutôt ce projet.

Ouvrir un projet. Cliquez sur (Load Studio project). Choisissez le dossier du projet ou son fichier project.sqlite. Le panneau affiche alors le nom et le chemin du projet.

Réouverture. Au redémarrage de Samurai, Studio rouvre le projet que vous aviez ouvert. Il affiche Reopened Studio project "…".

Enregistrement. Il n’y a pas de bouton Save. Studio enregistre le projet environ une seconde après chaque modification. Si l’enregistrement échoue, le panneau Project affiche Save failed avec Retry. Après deux échecs d’enregistrement de suite, Studio ne lance plus de nouveau travail tant que le projet ne peut pas être enregistré à nouveau.

Récupération. À l’ouverture d’un projet, Studio fait le ménage après un éventuel plantage. Il termine les opérations interrompues pendant leur application. Il conserve les résultats qui étaient complets sur le disque et supprime les restes à moitié écrits. Si la base de données est endommagée, Studio la reconstruit automatiquement. Le fichier endommagé est conservé à côté, sous le nom project.sqlite.corrupt-….

Contenu d’un dossier de projet

Une expérience en flux continu n’est pas copiée. Studio la lit là où elle se trouve, dans le dossier acquisition.zarr de l’expérience, et n’y écrit jamais (section 26.1).

25.4 Champs à glissement et annulation

Dans Studio, vous modifiez les nombres dans des champs à glissement (scrub fields), de la même manière que dans l’onglet Imaging :

• Faites glisser l’icône ou le libellé du champ vers la gauche ou la droite pour modifier la valeur. Maintenez Shift pour des pas dix fois plus fins. Un champ sans icône se modifie uniquement par saisie.
• Cliquez sur la valeur pour en saisir une nouvelle. Enter ou un clic ailleurs l’applique. Esc annule.

Annuler et rétablir. Ctrl/⌘+Z annule. Ctrl/⌘+Shift+Z ou Ctrl/⌘+Y rétablit. Les boutons à l’extrémité droite de la barre d’outils de la vue font la même chose. Studio conserve jusqu’à 50 étapes. Les modifications faites en moins d’un tiers de seconde comptent pour une seule étape. L’annulation porte sur le document : positions, noms, ordre des plans, visibilité et annotations.

Les traitements ne s’annulent pas de cette façon. Chaque opération crée une nouvelle version. Pour revenir en arrière, vous activez (check out) la version précédente, qui devient alors la version active. Dès qu’il n’y a plus rien d’autre à annuler, Ctrl/⌘+Z fait exactement cela (section 28.3). L’annulation est indisponible lorsqu’une opération est ouverte ou en cours, ainsi que pendant le chargement des images.

26Importer des données dans Studio

Studio travaille sur des piles. Une pile est une liste ordonnée de plans, et chaque plan contient une ou plusieurs images. Une pile peut provenir d’une expérience Samurai, reçue en direct pendant son acquisition. Elle peut aussi provenir de fichiers image.

26.1 Ouvrir une expérience en flux continu

Pour amener dans Studio les données de Samurai, ouvrez l’expérience en flux continu (stream) dans un projet. L’expérience entière devient une seule pile, avec un plan par cycle (Cycle 1, Cycle 2…). Chaque plan contient une image par ROI (ROI_1 · Cycle 1…), chacune à sa propre position de platine. Rien n’est copié. Studio lit le stockage d’images de l’expérience (les fichiers qui contiennent ses images) là où il se trouve. Il n’y écrit jamais.

1. Ouvrez ou créez un projet Studio pour l’expérience.
2. Ouvrez l’expérience dans l’onglet Imaging.
3. Dans Studio, activez Stream experiment to project dans l’en-tête de l’Explorer. L’icône devient bleue.

Vous pouvez aussi cliquer sur Import folder et choisir le dossier de l’expérience. Studio le reconnaît et démarre aussitôt le flux continu. Si vous choisissez un dossier situé à l’intérieur d’une expérience, la boîte de dialogue d’importation affiche This folder is part of a Samurai acquisition. Elle propose alors Stream full experiment.

Pendant que l’acquisition continue, les nouveaux cycles apparaissent sous forme de nouveaux plans. Studio les recherche toutes les quelques secondes. Une ROI ajoutée pendant l’acquisition complète ses cycles. Les images encore en cours d’écriture se mettent à jour quand elles sont terminées. Les plans se chargent la première fois que vous les regardez. D’ici là, leur icône est un point gris.

• Mettez en pause le flux en le désactivant. Réactivez-le pour rattraper le retard. Rien n’est perdu ni dupliqué.
• Si vous supprimez un plan de cycle dans le projet, il ne revient jamais, même si d’autres ROI arrivent pour ce cycle.
• Lors du premier flux continu dans un projet vide, Studio règle Delta Z (l’espacement entre les coupes) d’après l’épaisseur de coupe de l’expérience.
• Si le dossier de l’expérience est déplacé ou disparaît, l’Explorer affiche Stream unavailable… et continue d’essayer de l’atteindre. Les plans pas encore chargés ne peuvent pas se charger tant que le dossier n’est pas revenu.

26.2 Importer des fichiers image

Les boutons d’importation se trouvent dans l’en-tête de l’Explorer. Vous pouvez les utiliser dès qu’un projet est ouvert.

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1. + New frame : ajoute un plan vide.
2. Import image file(s).
3. Import folder.
4. Stream experiment to project.
5. Une pile : son code de version, son nom et son nombre de plans.
6. Les plans de la pile déployée.
7. Le contenu du plan courant.

Un seul fichier. Cliquez sur et choisissez un fichier TIFF, PNG, JPEG, WebP ou BMP. Vous pouvez aussi faire glisser des fichiers sur l’onglet Studio (Drop images to import). Si vous déposez des fichiers alors qu’aucun projet n’est ouvert, Studio vous demande d’abord d’en créer un.

• Un TIFF multipage devient une pile à part entière, qui porte le nom du fichier, avec un plan par page.
• Une image unique est ajoutée au plan courant de la pile active. Si le plan contient déjà une image, la nouvelle est ajoutée par-dessus, en superposition. S’il n’y a pas de pile active, l’image devient un élément à part entière.

Plusieurs fichiers ou un dossier. Si vous choisissez plusieurs fichiers, une boîte de dialogue de sélection s’ouvre. Il en va de même avec Import folder, qui parcourt aussi les sous-dossiers.

La liste montre ce qui sera importé. Import crée une pile, qui porte le nom du dossier, dans l’ordre affiché. Chaque page d’un fichier multipage devient une entrée à part.

Avec Import as mosaic tiles, Load tile positions… lit les positions des tuiles depuis un fichier. Ce peut être un fichier texte (chemin, x, y et éventuellement z), un fichier Fiji TileConfiguration.txt ou un projet TrakEM2. Réglez aussi la Pixel size, et indiquez si les coordonnées correspondent au Top-left corner ou au Tile center. Si la disposition apparaît en miroir, utilisez Swap X/Y, Invert X ou Invert Y.

Ce qui est copié. Studio convertit les fichiers importés dans le projet (assets/stacks). Le projet continue donc de fonctionner si les originaux sont déplacés. Prévoyez un espace disque libre à peu près égal à la taille des données. Les fichiers exportés par Samurai rapportent leurs métadonnées, c’est-à-dire les informations enregistrées avec chaque image. Cela comprend la position, la taille de pixel, les paramètres d’affichage, les annotations, les noms des plans et les classes du classificateur. Les fichiers sans métadonnées reçoivent une taille de pixel de 10 nm et la position (0, 0). Ils sont marqués comme non étalonnés.

26.3 Étalonner la position et la taille de pixel

Les distances, la barre d’échelle et les vues 3D ont besoin de la bonne taille de pixel. Tant qu’une image n’est pas étalonnée, le libellé de la taille de pixel dans Properties passe en ambre.

1. Sélectionnez l’image. Dans la section Properties, cliquez sur Edit properties.
2. Cliquez sur la valeur Pixel size et saisissez la taille. L’unité peut être nm, µm ou mm. Cliquez sur l’unité pour la changer.
3. Ajustez Position X et Y. Vous pouvez saisir les valeurs, faire glisser les libellés X / Y, ou faire glisser l’image dans la vue.
4. Cliquez sur ✓ Apply changes. ✕ abandonne les modifications.

La taille de pixel s’applique à toutes les images de la pile. Pour une pile en flux continu, cela veut dire toutes les ROI. La position ne s’applique qu’à l’image sélectionnée. Ces modifications ne créent pas de nouvelle version. À la place, la ligne de la version dans le panneau Version affiche · calibrated. Changer la taille de pixel modifie l’échelle physique, pas le nombre de pixels. Pour rééchantillonner (changer le nombre de pixels), utilisez Adjust › Resize. Lorsque plusieurs images sont sélectionnées, Properties affiche leurs valeurs, mais vous ne pouvez pas les modifier à cet endroit. Là où les valeurs diffèrent, il affiche Mixed.

L’outil Crop se trouve aussi dans le mode d’édition (section 27.4). Appliquez un recadrage comme une étape séparée, avant ou après l’étalonnage.

26.4 L’Explorer

L’Explorer liste les piles du projet. Plus exactement, il liste les versions que vous consultez :

• La version activée (la version active).
• Les versions que vous avez sélectionnées.
• Les versions que vous gardez affichées avec l’œil dans le panneau Version (chapitre 28, « Traitement et versions »).

Pour afficher les plans d’une pile, cliquez sur son chevron.

Icônes d’état des plans

La ligne d’un plan affiche aussi un résumé, comme 2 ROIs, 3 tiles ou 1 image + 1 overlay. Un crayon vert signifie que le plan contient des étiquettes peintes du classificateur. Sous la liste, le contenu du plan courant énumère ses images et ses annotations. Survolez un élément pour voir centrer, afficher/masquer et supprimer.